Согласно описи Толгской церкви 1820 г., над местом погребения святого стояла сохранившаяся до настоящего времени деревянная рака, украшенная медными чеканными пластинами с изображением четырёх чудес Иоанна, с иконой святого. Рядом с ракой находились деревянный крест с медным распятием и Псалтирь, по преданию, принадлежавшие Иоанну, напротив раки – житийная икона святого (ныне над ракой). В 1849 г. над надгробием была устроена резная сень. В 1967 г. на гробнице Иоанна помимо латинской Псалтири и деревянного креста с медным распятием сохранялся яшмовый, оправленный в серебро крест, который, как считалось, принадлежал святому. Сразу после кончины Иоанна у его гробницы начали совершаться исцеления, вследствие чего, как сообщает Житие, Иоанн получил прозвание Милостивый; другое прозвище святого (Власатый) объясняют тем, что святой носил власяницу. Паломники служили в храме у могилы святого водосвятные молебны Спасителю, Пресвятой Богородице и Собору Иоанна Предтечи, затем с могилы Иоанна брали землю и клали в св. воду, которую с землёй пили, и ей обтирались, после чего получали исцеление, причём не только люди, но и животные. В некоторых списках Жития сообщается, что, если больной не выздоравливал на третий день, это было ему знаком готовиться к смерти. Первое записанное чудо по молитвам Иоанна связано с Ростовским митрополитом Кириллом IV (Завидовым) и датируется концом 1617 г. У митрополита отнялись рука и нога, и он скорбел, из-за того что не мог служить литургию. Ему рассказали, «како многонародное множество» приходит к гробу Иоанна, и он повелел отнести себя во Власиевскую церковь. Во время молебна при чтении Евангелия митрополит Кирилл исцелился и сам вернулся в келью, благословляя паству. В рассказе о чуде сообщается, что архиерей оставался на кафедре ещё полтора года и преставился во время литургии (митрополит Кирилл скончался 7 мая 1619 г.). В рассказе о пятом чуде описано исцеление инока Авраамиева ростовского в честь Богоявления монастыря Мануила (Светикова), которое произошло после 1641 г. В рассказах о шестом и седьмом чудесах, написанных монахом Мануилом, исцеления совершились по молитвам к преподобному Авраамию Ростовскому и к Иоанну. Восьмое чудо связано с исцелением игумена Петровского ростовского монастыря Леонтия в 1649 г. Последнее, одиннадцатое чудо датировано 1663 (в некоторых списках 1677) г. По мнению исследователей, что в храме существовала книга, в которой фиксировались чудеса святого, причём исцелённые в подтверждение оставляли записи: «И от того времени святыми его молитвами очима исцелён и писание дал тот Анисим своею рукою» (Исторический музей). В повествование об Иоанне в некоторых списках Жития внесено сообщение о другом блаженном, который в то время жил в Ростове, – Иоанне Большой Колпак; в ряде списков в дополнение к этому приводится краткий рассказ о ростовском юродивом того же времени Артемии Третьяке (Российская национальная библиотека; это же известие исследователи нашли в дефектном списке Библиотеки Академии Наук, вторая половина XVII в.).