В 1878 г. Ионафан направил официальное предложение духовной консистории по вопросу о необходимости учреждения женского духовного учебного заведения. 1 октября 1881 г. было открыто женское епархиальное училище (с шестилетним сроком обучения), которое готовило учительниц для земских и церковноприходских школ. Позже при училище были устроены больница и образцовая школа. По свидетельству современников, Ионафан со вниманием относился к каждой ученице. В Музее семейных коллекций города Мышкина Ярославской области хранятся ноты, подаренные Ионафаном выпускнице епархиального Ионафановского училища дочери священника Александра Порецкого. За заботу о воспитанницах и за труды на благо училища, воспитанниц прозвали «ионафанками», а само учебное заведение – «ионафановским», к юбилею архиерея по ходатайству ярославского духовенства это имя по Высочайшему соизволению от 13 ноября 1893 г. было присвоено училищу официально. В ноябре 1893 г. Ионафан отметил 50-летие служения церкви. В качестве особого подарка архиерею в 1894 г. протоиерей Аристарх Израилев решил создать новый Ионафановский звон, для чего приобрёл на Ярославском колокольном заводе Порфирия Ивановича Оловянишникова колокол и пожертвовал его для звонницы ростовского Успенского собора. До того в Ростовском кремле исполнялись три звона: Ионинский в честь митрополита Ионы (Сысоевича); Иоакимовский в честь архиепископа Иоакима (1731–1741 гг.); Георгиевский в честь епископа Георгия (Дашкова). По желанию протоиерея Аристарха Ионафановский звон производился вместе с другими звонами в воскресные, праздничные дни, а также в дни важных событий жизни Ионафана (дни рождения, тезоименитства, архиерейской хиротонии, назначения на Ярославскую кафедру). К 2011 г. Ионафановский звон звучит в Ростовском кремле наряду с другими звонами. С 13 августа 1883 г. по ноябрь 1884 г. Ионафан состоял присутствующим в Синоде; был почётным членом Санкт-Петербургского епархиального братства во имя Пресвятой Богородицы (основано в 1884 г.), имевшего целью распространение грамотности и религиозно-нравственного просвещения, содействие обращению в православную веру, устройство церковноприходских школ и библиотек, издание религиозной литературы, организацию церковных хоров и т.д. 20 мая 1884 г. в столице Ионафан заложил по проекту Михаила Арефьевича Щурупова новое здание церкви в честь Воздвижения Креста Господня (Николо-Труниловской) на 1,2 тыс. человек с трёхъярусной колокольней. Состоял почётным членом: с 1884 г. – Православного Палестинского общества; с 4 ноября 1884 г. – Академии художеств; с 1 октября 1885 г. – Московского Археологического общества; с 1 октября 1885 г. – Ростовского музея церковных древностей; Московской духовной академии, Киевской духовной академии, Казанской духовной академии. С марта 1888 г. по указу Синода был председателем административно-хозяйственного управления Ростовским кремлём. На собрании Александро-Свирского братства в Петрозаводске 30 августа 1892 г., в день его первого годового праздника, избран почётным членом братства.