В 1889 г. для обеспечения увольняемых за штат священнослужителей основал эмеритальную кассу, для которой лично пожертвовал 1 тыс. руб. К концу XIX в. в кассе было уже 500 тыс. руб., что при крайне скудных пенсиях стало существенной поддержкой духовенству. 4 ноября 1889 г. за особую «попечительность» о нуждах епархии Синод объявил Ионафану благодарность. Ионафан инициировал восстановление и обновление многих исторических памятников и святынь, в том числе уникального памятника архитектуры второй половины XVII в. – Ростовского кремля (архиерейского дома). В восстановленном Самуиловом корпусе разместилось Димитриевское духовное училище (основано в 1702 г. Димитрием Ростовским), которое Ионафан освятил 28 октября 1880 г. По инициативе ростовских купцов Андрея Александровича Титова и Ивана Александровича Шлякова в октябре 1882 г. Императорское археологическое общество организовало Комиссию по восстановлению Ростовского кремля, в состав которой, в частности, вошёл городской голова Ярославля Иван Александрович Вахромеев, прадед Минского  митрополита Филарета (Вахромеева). Позже на средства И.А. Вахромеева была обновлена Ильинская церковь Ярославля и устроена ограда вокруг неё, освящённая архиереем 7 сентября 1897 г. Ионафан был почётным членом комиссии. По благословению Ионафана восстановленная Белая палата Ростовского кремля была предоставлена Музею церковных древностей (ныне музей-заповедник «Ростовский кремль»). Ионафан выразил готовность помочь в собирании экспонатов. Открытие музея 28 октября 1883 г. архиерей благословил Владимирской иконой Божьей Матери. В дар музею преподнёс портрет Ростовского митрополита Ионы (Сысоевича; около 1858 г., музей-заповедник «Ростовский кремль»). Позднее Ионафан подарил музею из архиерейской ризницы омофор митрополита Ионы (вторая половина XVII в. – музей-заповедник «Ростовский кремль»), коллекцию серебряных греческих и римских монет. При участии Ионафана в 1883 г. было создано братство Димитрия Ростовского, которое занималось просветительской деятельностью. По инициативе Ионафана в устав братства был включён параграф: «Братство помогает Ростовскому музею расположением приходских священников и других просвещённых лиц к доставлению в Музей церковных древностей, рукописей, книг, крестов, икон, сосудов и прочего». В «Обращении к отцам благочинным» епархии (24 июня 1884 г.) Ионафан призвал пастырей «уступить музею те предметы церковных древностей, которые, не составляя существенной принадлежности их храмов, могут быть помещены в музее, где они будут тщательнее сохраняться, чем в церковных кладовых, и по своему достоинству будут обращать внимание посетителей как простого звания, так и образованного общества и, таким образом, служить цели братства». Благодаря обращению Ионафана в ростовский музей поступили такие уникальные экспонаты, как крест дьяка Стефана Брадатого (1458 г.), деревянная скульптура Георгия Победоносца (XV в.), надгробный покров Авраамия Ростовского (1553 г.), царские врата из церкви в честь Вознесения Господня (XVI в.). В день празднования 50-летия служения Ионафана в священном сане музей благодарил архиепископа: «Как член Императорского Московского археологического общества, вы немало способствовали изучению русских и в особенности местных древностей…, благодаря вашему непосредственному влиянию из церквей вверенной вам епархии были доставлены в Музей разные церковные достопримечательности, и этим даром было положено начало быстрому росту Музея…, вы, понимая высокое научное значение этого учреждения, много заботились о дальнейшем его процветании».