Левый и правый приделы собора Ионафан освятил в честь Благовещения Пресвятой Богородицы (28 мая) и в честь Вознесения Господня (13 августа). В 1875 г. посвящения главных престолов старого кафедрального Свято-Духовского собора (1800 г.) и нового, Воскресенского, были взаимно изменены. 29 июня 1873 г. Ионафан совершил торжественное освящение памятника императору Петру I (скульптор Иван Николаевич Шредер) с крестным ходом из кафедрального собора на Круглую площадь. Закладка памятника состоялась годом раньше, когда праздновалось 200-летие императора – основателя Петрозаводска (30 мая 1872 г.). В тот день епископ освятил обновлённый Петропавловский собор – уникальный, похожий на маяк деревянный храм, в котором царь не только молился, но который, по преданию, сам и спроектировал. В 1875 г. Ионафан обратился к губернатору Григорию Григорьевчу Григорьеву с просьбой о выделении средств на ремонт ещё одного храма, построенного повелением Петра I, – церковь во имя апостола Петра в Марциальных Водах Петрозаводского уезда; решение было принято два года спустя. По представлению Ионафана Синод разрешил передать из Петровского храма в Олонецкий историко-этнографический музей деревянные точеные подсвечники и резной аналой собственноручной работы царя. 10 января 1873 г. Ионафан вступил в управление Александро-Свирским монастырём, исходатайствовав указ Синода от 30 декабря 1872 г. о передаче обители в непосредственное управление Олонецких архиереев. При этом Ионафан и его преемники по кафедре становились распорядителями доходов столичного подворья. Содействовал изданию Жития Александра Свирского (1874 г.) и краткого описания монастыря. Часто посещал обитель, устроил в ней архиерейские покои. Отправляясь 30 июля 1876 г. в монастырь из Петрозаводска, пригласил на богомолье Воронежского архиепископа Серафима (Аретинского), в 1874–1876 гг. присутствовавшего в Святейшем Синоде. По благословению Ионафана «пустынницы», жившие близ мужской Задненикифоровской пустыни, переселились в Лодейнопольский уезда, на место упразднённой в 1764 г. Паданской пустыни. Впоследствии здесь образовалась женская община. Ионафан совершал частые объезды епархии, охотно принимал приглашения освятить новые или обновленные сельские храмы; возглавлял паломничества богомольцев из Петрозаводска в Клименецкий и Корнилиев Палеотсровский монастыри. Вне пределов епархии изыскал средства для постройки больше двадцати церквей с домами причта в беднейших приходах. 6 июля 1875 г., после литургии в Александро-Невской церкви (с 2000 г. – петрозаводский кафедральный собор), благословил работы по устройству ограды вокруг храма. В 1870 гг., когда в целях экономии бюджетных средств прошло повсеместное сокращение числа приходов и приходского духовенства, Ионафан сумел отстоять интересы епархии. При введении нового штатного расписания было упразднено не больше десяти приходов, храмы которых стали числиться приписными. В декабре 1873 г. Ионафан посетил Вытегру, принял участие в празднование 100-летия города. 23–26 августа 1876 г. освятил в Вытегре Сретенскую церковь. По его ходатайству указом Синода от 21 июня 1876 г. лодейнопольская градская Петропавловская церковь получила статус собора.