Митрополит грамоты «принял и целовал», прошение властей Киево-Печерского монастыря о сохранении ставропигии Иов приказал «до книг наших митрополитанских вписати». В декабре 1626 г. Константинопольский патриарх Кирилл Лукарис выдал грамоту, в которой указывалось, что распоряжение об отмене ставропигий не затрагивает Виленское и Львовское братства. Новые планы властей Речи Посполитой определились на сейме, который собрался в начале 1626 г., когда король, ссылаясь на мнение сенаторов, заявил, что единственный способ «успокоения греческой религии» – это созыв Собора, на котором униаты и православные достигли бы соглашения. Король даже обещал утвердить принятые на таком Соборе решения. Вскоре после роспуска сейма была разослана королевская грамота о созыве Собора осенью 1626 г. в Кобрине. Всё это происходило в условиях, когда, возможно, из кругов, связанных с братствами, стали раздаваться обвинения в адрес Иова и архиепископа Мелетия (Смотрицкого) в том, что они «отступники» и ищут соглашения с униатами. В Неделю Православия (26 февраля 1626 г.) в Киеве Иов публично опроверг эти слухи, совершив обряд анафематствования всех отступников и еретиков. Однако обвинения продолжали выдвигаться, и в мае Иов обратился к пастве с окружным посланием, в котором снова отверг наветы и приказал не верить интриганам, которые, видимо, добивались того, чтобы православная церковь снова осталась без архипастырей. Православное духовенство Киевской митрополии игнорировало Собор в Кобрине, о чём Иов сообщил царю Михаилу Фёдоровичу. В эти годы был не менее актуален вопрос о том, как добиться для православной церкви (и для православной иерархии) признания со стороны властей, что позволило бы православным в дальнейшем свободно исповедовать свою веру и строить церковную жизнь. Связанные с решением этого вопроса события 1627–1628 гг. известны лишь в интерпретации архиепископа Мелетия (Смотрицкого), чья объективность у исследователей вызывает большие сомнения. Положение дел обсуждалось на небольшом собрании в Киеве в начале сент. 1627 г. с участием Иова, архиепископа Мелетия (Смотрицкого) и нового архимандрита Киево-Печерского монастыря Петра (Могилы). На собрании Мелетию предложили представить на обсуждение православным духовенством «Катехизис», над которым Мелетий начал работать до поездки на Восток. Однако архиепископ Мелетий (Смотрицкий) решил подготовить трактат о различиях между вероучением Восточной и Западной церквей, это предложение было принято. Участники собрания не знали, что к тому времени Мелетий (Смотрицкий) тайно перешёл в унию, обязавшись доказывать православным отсутствие принципиальной разницы между взглядами восточных и западных отцов и склонять православных к участию в общем с униатами Соборе. Результаты совещания привели к осложнению отношений в православном обществе.