Епископ Исаакий получил ответ, что даже в самой Речи Посполитой почва для борьбы за присоединение украинских и белорусских земель к Русскому государству не подготовлена, но, если притеснения православных будут продолжаться, царь и патриарх будут думать о том, как освободить православную веру и церковь от еретиков. Посольство епископа Исаакия положило начало постоянным контактам Иова с русским правительством и Московским патриархом. В сентябре 1625 г. на Украину двинулась польская армия, и начались военные действия между ней и Запорожским войском. Перед походом командующий польской армией гетман Станислав Конецпольский, намереваясь арестовать Иова, потребовал, чтобы он явился в польский лагерь под Белой Церковью, но жители Киева помешали отъезду митрополита. На раде, собравшейся в Киеве 29 сентября, Иов призывал сражаться с польской армией и, если не хватит сил, просить помощи у Михаила Фёдоровича. Военная кампания закончилась в ноябре 1625 г. Казацкая армия понесла серьёзные потери, но разбить её не удалось. По Куруковскому договору на землях Речи Посполитой могло оставаться и получать жалованье за службу лишь шеститысячное казацкое войско (реестровые казаки), остальные казаки должны были вернуться под власть своих господ. В декабре 1625 г. посланец Иова священник Филипп говорил в Москве, что те, кого «от казачества отставливают», хотят просить у царя помощи против поляков, чтобы «городы литовские очищать». Тогда же через другого своего посланца (Савву Савицкого) Иов предлагал послать к Олиферу Голубу и обещать ему военную помощь, чтобы он очистил от поляков Северскую землю. Однако и на этот раз русское правительство не решилось на войну с Речью Посполитой. С того времени, когда надежды Иова на скорое освобождение от иноверной власти не оправдались, в его жизни начался трудный период. В сложившихся обстоятельствах следовало искать способы сосуществования с властями Речи Посполитой. Эти поиски пришлось проводить в условиях, когда и эти власти, и униатский епископат добивались осуществления «новой унии» с помощью «примирения» церквей. В то же время среди православных росла враждебность по отношению ко всяким попыткам компромисса, и митрополит должен был с этим считаться. Главе Западнорусской митрополии пришлось столкнуться и с другими трудностями. Когда зимой 1625/1626 гг. архиепископ Мелетий (Смотрицкий) привёз из Константинополя патриаршую грамоту о ликвидации ставропигий, он встретил со стороны монастырей резкий отпор. Архимандрит Киево-Печерского монастыря Захария (Копыстенский) не допустил Мелетия в свой монастырь и потребовал, чтобы так же поступили и другие киевские обители. 28 июня 1626 г. представители Киево-Печерского монастыря предъявили Иову грамоты Константинопольских патриархов (как полагают исследователи, Матфея II и Рафаила II), касающиеся утверждения ставропигиального статуса обители.