В 1925 г., после кончины архимандрита Тихона (Преображенского), настоятелем был избран иеромонах Зосима (Мусатов). В ночь на 31 мая 1931 г. он был арестован вместе с братией и несколькими монахинями, проживавшими в селе Пощупове. С 31 мая по 6 сентября 1931 г. 82-летний старец содержался в рязанской тюрьме. Не признавал себя виновным в «контрреволюционной деятельности», но утверждал: «Монахам и верующим я говорил, чтобы не противились власти и переносили всё терпеливо… Собственные взгляды я не изменил и с ними – навсегда. Всякая власть есть власть от Бога, которой повинуюсь во всём, кроме моих религиозных убеждений». Никто из арестованных вместе с архимандритом Зосимой не дал против него компрометирующих показаний. В сентябре 1931 г. тройкой ОГПУ по Московской области архимандрит Зосима был осуждён на три года ссылки в Казахстан. Из-за преклонного возраста и болезни наказание было определено условно. Около трёх лет прожил у племянницы в селе Ходынине (Рыбновский рийон). 27 марта 1934 г. погребён у приходской церкви в честь Преображения Господня в селе Ходынине. В 1992 г. архимандрит Авель (Македонов) с братией перенесли его останки в монастырь Иоанна Богослова. В 1931 г. монастырь Иоанна Богослова был закрыт, иконы, книги и другое имущество разворованы или сожжены. Часть икон и наиболее ценные богослужебные предметы поступили в Рязанский окружной музей. В помещениях обители был устроен детдом для малолетних правонарушителей. В Иоанно-Богословском соборе, внутренний объём которого был разделён перекрытием, устроено два помещения – для клуба и спортивного зала; в качестве половой доски использовались иконы из иконостаса. Алтарная часть больничного храма уничтожена. В колокольне находился топливный склад, в двух гостиницах – средняя школа, в здании бывшей Хлудовской богадельни – больница. Через некоторое время в зданиях монастыря разместилось училище механизации сельского хозяйства. Постройки разрушались. Постановлением Совета Министров РСФСР от 30 августа 1960 г. ансамбль монастыря Иоанна Богослова был признан памятником архитектуры федерального значения. В 1970 гг. в помещениях монастыря Иоанна Богослова располагалось УВД, в братском корпусе – склады, в соборе установлен огромный резервуар с водой. Часть территории была обнесена забором с колючей проволокой, монастырское кладбище уничтожено. Несмотря на разорение монастыря Иоанна Богослова, верующие приходили на св. источник, совершали небольшие крестные ходы. Юго-западнее монастыря Иоанна Богослова, на склоне холма, находился вход в подземное сооружение. В 1930 гг. детей из существовавшего рядом с бывшим монастырём пионерлагеря неоднократно водили в пещеру на экскурсии. «По описаниям этих экскурсий можно сделать вывод, что в то время выработки имели значительно большую длину, чем современные. Возможно, что по одному из ходов этого подземного лабиринта можно было прийти в Солотчинский монастырь (он расположен на другом берегу реки Оки). Предполагается, что этот ход имел оборонное значение».