Первый из восстановленных храмов – Иоанно-Богословский собор (XVII в.) – был освящён 20 мая 1989 г. архиепископом Рязанским и Касимовским Симоном (Новиковым). В монастыре Иоанна Богослова отремонтированы и действуют также храм во имя Серафима Саровского, священномученика Иувеналия, архиепископа Рязанского, и Новомучеников и исповедников Российских (освящён 1 августа 1993 г.), расположенный в подклете Богословского собора; храм в честь Тихвинской иконы Божьей Матери, во имя святителя Николая и императора Николая II (освящён 19 мая 2001 г.), расположенный в нижнем ярусе шатровой колокольни (XVII в.); храм в честь иконы Божьей Матери «Скоропослушница», во имя великомученика Пантелеимона и великомученика Георгия Победоносца на третьем этаже братского корпуса (освящён 21 июня 2002 г.); домовый храм во имя св. князей Бориса и Глеба в новом братском корпусе (освящён 3 августа 2006 г.); домовый храм в честь иконы Божьей Матери «Знамение», во имя архангела Гавриила и великомученицы Варвары в доме наместника (освящён 9 декабря 1999 г.). В Успенском соборе (1870 г.) завершаются отделочные работы. Есть привратная часовня в честь Иверской иконы Божьей Матери, часовня-купальня во имя апостола Иоанна Богослова на св. источнике, в 300 м от монастыря, а также другая часовня на св. источнике. В Иоанно-Богословском храме и в церкви в честь иконы Божьей Матери «Скоропослушница» находятся мощевики с мощами многих святых, чтимые иконы апостола Иоанна Богослова (XVI и XVIII вв.), великомученика Пантелеимона (XIX в.), иконы Божьей Матери «Тихвинская» (XIX в.), «Скоропослушница» (XIX в.). В богатой ризнице монастыря Иоанна Богослова хранятся обагрённая мученической кровью походная мантия архиепископа Рязанского Мисаила (середина XVII в.), крест с частицей древа Креста Господня, мантия, жезл и Чиновник архиепископа Рязанского Иувеналия (Масловского), деревянный жезл последнего настоятеля Саровского монастыря игумена Руфина. В ризнице хранятся также: Евангелие-апракос (Киево-Печерская лавра, 1707 г.; принадлежало, судя по записи на первых листах, митрополиту Сарскому и Подонскому Илариону (Властелинскому)); напрестольное Евангелие (вклад конца XIX в. Д.И. Хлудова), серебряный вызолоченный потир (вторая половина XVIII в.); саккос епископа Тихона (Тихомирова; ум. в 1955 г.); облачение подвижника благочестия архиепископа Филарета (Лебедева); плащаница с живописным изображением Спасителя во гробе, подаренная архимандритом Иоанном (Крестьянкиным). К 2010 г. в Рязанском историко-архитектурном музее-заповеднике хранились изъятые в XX в. из монастыря Иоанна Богослова: серебряный потир 1739 г.; Евангелие в серебряном чеканном окладе середины XVII в. – вклад московского зодчего Юрия Корнильевича Ершова; серебряная филигранная риза с иконы Божьей Матери; деревянный резной крест афонской работы XIX в.; напрестольное облачение XVIII в.; плащаница XIX в.; воздух и два покровца 1670 гг., мастерская «московского гостя» Ивана Гурьева; фелонь 1670 гг., мастерская «московского гостя» Ивана Гурьева, и др.