В сентябре-октябре 1962 г. историк искусства Владимир Иванович Плужников и архитектор Елизавета Михайловна Караваева обследовали пещеру. По результатам исследований был составлен рукописный отчёт со схемой пещеры. Предполагалось, что пещера, изрытая в древности, могла служить «убежищем от татар или жильём монахов-отшельников», а к конце XVII в. – «земляной тюрьмой для раскольников». Исследователям известно, что в 1691 г. Рязанский митрополит Авраамий повелел архимандриту Антонию заточить в земляную тюрьму монастыря десять раскольников. В качестве места заточения, по мнению В.И. Плужникова, могла использоваться пещера. Примечательно, что она стала известна лишь во второй четверти XX в., в архивных материалах и печатных описаниях монастыря, относящихся к XIX веку, нет ни слова о пещерах, хотя прилегающая местность описана довольно подробно. Краевед В.А. Квашнин сообщил, что эти пещеры не были известны даже последним монахам монастыря, а случайно открылись в середине 1930 гг. после больших ливней. В 1980–1990 гг. члены Рязанского клуба спелеологов неоднократно осуществляли учебно-тренировочные выезды в пещеру. В результате обследования, проведённого в мае 1999 г. группой «Стикс» (Рязанское региональное отделение Русского общества спелеологических исследований), был составлен схематичный план пещеры и определена предполагаемая длина подземных ходов – 600 м. По сообщению (январь 2006 г.) игумена Виталия (Уткина), при обследовании пещеры были найдены остатки переносного престола; исследователи полагают, что в 1930 гг. в подземелье могла функционировать некая церковная община. Летом 2005 г. по заказу монастыря Иоанна Богослова сотрудники Института физики Земли РАН с помощью георадара исследовали местность близ обители. Результаты с большой долей вероятности позволяют исследователям утверждать: под поверхностью монастырского холма и прилегающих к нему территорий находится система подземных сооружений. Исследователи полагают, что пещера в Пощупове относится к культовым подземельям; в ней сохранились остатки трёх помещений, одно из которых можно интерпретировать как отшельническую келью с двумя нишами для икон. Тип данной пещеры характерен для монастырей и скитов киновиального толка. Изыскания не завершены, вопрос о времени основания пещеры остаётся открытым. В сентябре 1988 г. монастырь Иоанна Богослова был передан РПЦ, в апреле 1989 г. открыт. 23 июня 1991 г. возрождавшийся монастырь посетил Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. С 1988 г. наместником был архимандрит Авель (Македонов; в схиме Серафим; ум. 6 декабря 2006 г.), первый после гонений XX в. постриженик Рязанской епархии. В 2004 г. монастырь Иоанна Богослова возглавил настоятель, викарий Рязанской епархии епископ Шацкий Иосиф (Македонов), 20 июля 2006 г. – архиепископ Рязанский Павел (Пономарёв), затем – наместник игумена Мефодий (Илюточкин), 27 декабря 2007 г. – наместник иеромонах Дионисий (Порубай).