Однако исследователи не забывают, что «Начертание...» было подготовлено в очень короткий срок по заданию Комиссии духовных училищ, которая в связи с отсутствием учебников на русском языке в мае 1814 г. поручила академическому правлению опубликовать имеющиеся лекции по данному предмету. 8 августа 1817 г. была издана первая часть церковной истории Иннокентия, которая заканчивалась IX в., в следующем году вышла вторая часть. Говоря о научных трудах Иннокентия, Филарет (Дроздов) отмечал, что «издание сочинённой им книги по церковной истории – не одновременный, но прочный дар духовному просвещению». Архиепископ Филарет (Гумилёвский) считал, что церковная история Иннокентия «как учёный опыт, весьма удовлетворительна для своего времени, а по духу благочестия всегда дорогая книга». Иларион Алексеевич Чистович замечал, что «дух истории прекрасный, но расположение материй не довольно стройно, а язык от чрезвычайной сжатости сух и тяжёл». Иннокентий понимал несовершенство своей работы. Так, вручая ученикам при расставании свои книги, он говорил: «Когда сочините лучше, сожгите сии негодные», а также: «Я дарю вам это в память меня и для того, чтобы по времени, сличая свои труды с моими, могли сказать: вот как слабо прежде писали». В предисловии к первой части книги Иннокентий пояснял, что она написана по настоянию начальства только «для исторической кафедры в духовном училище, и потому не может удовлетворить любопытству, ищущему открытия исторических тайн или подробностей о церковных происшествиях в собственной их полноте» и что им лишь «рукою неопытною положены некоторые черты церковной истории». «Начертание...» разошлось очень быстро, и вскоре потребовалось переиздание книги, которое в связи со смертью автора поручили профессору Санкт-Петербургской духовной академии Иоакиму Семёновичу Кочетову, который внёс в книгу ряд исправлений. Иннокентий – автор лекций на латинском языке по «Деятельному богословию», а также «Опыта изъяснения первого и второго псалмов» и «Изъяснения Символа веры». Во втором томе первого издания сочинений Иннокентия (1821 г.), подготовленном инспектором Пензенской духовной семинарии протоиереем Василием Фёдоровичем Алявдиным (впоследствии Владимир, архиепископ Тобольский), была опубликована первая часть «Деятельного богословия» под названием «Христианское нравоучение, или Богословие деятельное подлежательное». Она вошла и в первый том второго издания (1845 г.) сочинений Иннокентия, в третьем томе (1847 г.) была напечатана (в переводе с латинского профессором И.А. Андриевского) вторая часть «Деятельного богословия» под названием «Божественное правоведение, или Богословие деятельное предлежательное (предметное)», включающая и «Христианское благоразумие». Этот труд имеет много общего с конспектом по деятельному богословию митрополита Филарета (Дроздова).