7 марта 1816 г. возведён в степень «первоклассного» архимандрита с оставлением настоятелем Сергиевой пустыни, 7 июня назначен настоятелем Юрьева новгородского монастыря. 17 апреля 1817 г. стал членом Главного правления народных училищ. Провёл ревизию в армейской семинарии, результаты которой изложил в отчёте, отметив хорошую постановку учебной и нравственно-воспитательной работы и сделав замечание по поводу нецелевого расходования казённых средств. Историко-церковные и богословские работы Иннокентия, подготовленные во время преподавания в академии и семинарии, имели большое значение. Переработав свои лекции, Иннокентий составил капитальный труд, изданный в 1817–1818 гг. под названием «Начертание церковной истории от библейских времён до XVIII в., в пользу духовного юношества» (в двух частях, тираж около 2500 экз.). Книга выдержала семь переизданий (1820, 1823, 1828, 1834, 1838, 1849, 1857 гг.) и до 1860 гг. оставалась учебным пособием для духовных школ. Эта работа является продолжением «Начертания церковно-библейской истории» Филарета (Дроздова), конспекты которого Иннокентий использовал для преподавания библейской истории, а его лекции по истории II в. н.э. – при изложении данного периода в своей книге. Церковная история разделена в труде Иннокентия по столетиям, каждое из которых освещается в семи тематических рубриках (отделах). Предметами рассмотрения являются следующие вопросы: внешнее состояние («благоденствие») и распространение влияния церкви в обществе, обряды и богослужения, церковная иерархия, достопамятные лица, ереси и расколы. Такая структура изложения имела определённые неудобства, что впоследствии дало повод историкам, в частности, Антону Владимировичу Карташёву, упрекать Иннокентия в схематизме и отсутствии живого и целостного воспроизведения истории. Среди недостатков сочинения Иннокентия исследователь называл также отсутствие должной критичности при использовании источников, «сжатый, тёмный и тяжёлый язык» и неполное освещение внутренней жизни церкви. Алексей Петрович Лебедев, который писал о зависимости работы Иннокентия от трудов протестантских учёных Фридриха Шпангейма (1632–1701 гг.) и в особенности К.Э. Вейссмана (1677–1747 гг.), вместе с тем признавал, что «Начертание...» «для своего времени было настолько хорошо, что больше того едва ли и вправе было бы требовать от автора». Жёстче охарактеризовал труд Иннокентия протоиерей Георгий Флоровский: «Книга эта писана была наспех, и не автор был виновен, если и после его смерти её насильственно оставляли учебником в школах, кое-где даже в 60-х годах, когда она была уже явно отсталой, устарелой, непригодной (для посмертных изданий она была обработана протоиереем Кочетовым). Составлена она была, преимущественно, по Вейссману и Шпангейму, по Баронию и Магдебургским центуриям, – план слишком сух и дробен, изложение слишком формально».