До 1700 г. Исаакий подвизался один. «И в та лета не видех бо в себе света, ниже радости, камо ити, или что истинно творити; но, яко кур, во отрепьях хождах и во тьме мрачной бых». Не вынеся борьбы с искушениями, подвижник был вынужден удалиться в Санаксарскую обитель, где ежедневно совершал литургию и причащался Святых Таин, и «помалу нача болезнь умалятися». Через год вернулся в пустынь и «жих зде во мнозе утешении». В апреле 1694 г. Старое Городище посетил некий иеродиакон Тимолай из Соловецкого в честь Преображения Господня монастыря. Он предсказал Исаакию, что на месте Старого Городища будут основаны церковь и монастырь. В январе 1695 г. Тимолай прислал Исаакию из Москвы икону Иоанна Предтечи, покровителя всех пустынножителей. В 1699 г. на Темниковской дороге Исаакий поставил часовню, в ней – крест с Распятием. В часовне также находилась хоругвь, на одной стороне которой подвижник написал Нерукотворный образ Спасителя, а на другой – образ Пресвятой Богородицы. 30 ноября 1700 г. на мельнице, расположенной на реке Сатис, у Темниковской дороги, состоялась встреча Исаакия со старообрядцем Иваном Корелиным. В результате беседы Исаакий сумел обратить его в православие и постриг в монашество с именем Ириней. В 1700 г. по прошению братии Исаакий стал настоятелем арзамасского Введенского монастыря, а монах Ириней (Корелин) остался присматривать за Саровской пустынью, в которой в 1700–1706 гг. проживало уже 11 человек. Исаакий регулярно посещал пустынь. В 1704 г. в Патриарший приказ поступил донос на Исаакия, в котором насельник арзамасского Свято-Троицкого монастыря монах Авраамий обвинял его в связях с раскольниками. Разбирательство завершилось оправданием Исаакия, после чего подвижник решил добиться придания Саровской пустыни официального статуса. 2 апреля 1705 г. ученик Исаакия монах Афиноген был рукоположён во иерея и стал настоятелем Введенского монастыря. 5 мая Исаакий прибыл в Саровскую пустынь, а осенью того же года получил в Патриаршем казённом приказе благословенную грамоту на строительство и освящение церкви в Саровской пустыни. Храм строился с 28 апреля 1706 г. саровскими монахами и окрестными крестьянами. Во время строительства несколько крестьян села Кремёнки с приказчиком помещиков Леонтьевых Андреем Трофимовым пытались «запугать» монахов, Исаакий сумел разрешить конфликт. 16 июня 1706 г., когда торжественно была освящена церковь в честь иконы Божьей Матери «Живоносный Источник», традиционно считается днём основания Саровской пустыни. В июле 1706 г. в обители состоялись два собрания братии, на которых Исаакий представил свой проект монастырского устава (древнейший список: Российский государственный архив древних актов, последняя четверть XVIII в.).