«Правило общежительное» представляет собой главы о церковном благочинии, изложенные в соответствии с традициями древнего пустынножительства. Всенощное бдение продолжалось до рассвета. Значительное время на службе отводилось чтению святоотеческих писаний: читать должен был старейший из братьев, «добре разумеющий силу Писания и места трудные к уразумению могущий изъяснять». Глава 8 представляет собой чин неусыпаемого псалмопения в первую седмицу Великого поста по образцу Студийского монастыря в Константинополе. Глава 9 посвящена наставлениям о непрестанной умной молитве, которую должен творить монах: «Таким упражнением при сохранении себя от разсеянности и при соблюдении мира совести можно приблизиться к Богу и соединиться. Иначе, как только непрестанною молитвою, по словам св. Исаака Сирского, приблизиться к Богу не можем». По Уставу Саровской пустыни настоятель и братия вычитывали келейное правило в церкви сообща – «единогласно» («а в два голоса ни петь, ни говорить ни единого стиха».) В состав келейного правила Исаакий включил каноны Иисусу Сладчайшему и Ангелу-хранителю, а также Акафист Пресвятой Богородице (впоследствии был добавлен канон Пресвятой Богородице), которые читались в определённой последовательности вместе с Иисусовой молитвой, с поклонами. После чтения канонов и Акафиста братия собиралась на общую трапезу, затем возвращалась в храм для продолжения келейного правила. Насельники совершали сто земных поклонов, сопровождаемых чтением Иисусовой молитвы, после чего прочитывались ещё триста молитв Иисусовых и сто Богородичных, пять раз возглашалось «Богородице Дево, радуйся». Затем полагалось читать творения Ефрема Сирина, помянник и молитвы на сон грядущим. Завершалось правило чином «прощания» настоятеля и братии. Устав Исаакия способствовал возрождению аскетического монашеского идеала во многих обителях: его переняли Санаксарский и Спасо-Преображенский Валаамский монастыри, Флорищева в честь Успения Пресвятой Богородицы и Высокогорская пустыни. С 1714 по 1873 гг. больше сорока саровских насельников стали настоятелями других монастырей. Устав, составленный Исаакием, явился связующим звеном между традициями монастырей Северной Фиваиды XIV–XV вв. и монашеской практикой Нового времени. Исаакий положил начало формированию библиотеки Саровской обители. Его полемические сочинения против раскольников свидетельствуют об основательном знании богословия. Сохранились автографы Исаакия: он сделал рукописные вставки в старопечатный «Лимонарь» (Киев, 1628 г.) Иерусалимского патриарха Софрония I, переписав повести из патериков (Российский государственный архив древних актов). Жития древних пустынножителей и их опыт борьбы с искушениями – основная тема выписок Исаакия. Среди них исследователи считают особенно поучительной повесть о старце, который откусил свой язык.