Старец, подвизавшийся многие годы в пустыне, пришёл в город, чтобы посетить епископа, и по дороге был «умолен» неким христианином благословить его дом. Во время трапезы, устроенной гостеприимными хозяевами и сопровождавшейся оживлёнными разговорами, старцем овладели блудные помыслы, и он, чтобы побороть искушение, откусив себе язык, стремительно покинул дом. Оставшийся на полу язык продолжал говорить и умолял вернуть его старцу. Озадаченный хозяин дома отнёс язык епископу, и тот повелел найти старца в пустыне. После долгих поисков горожанин нашёл подвижника в пещере, язык чудесным образом прирос к своему месту. На следующий день старец мирно скончался, и христианин совершил погребение подвижника. История, рассказанная в патерике, многозначна по содержанию, сохранившиеся автографы Иоанна свидетельствуют о круге его чтения и духовных переживаниях. Первые годы Саровская пустынь была приписана к арзамасскому Введенскому монастырю. В ноябре 1708 г. саровская братия и 23 вкладчика подали челобитную поставить Исаакия строителем пустыни. 5 февраля 1709 г. митрополит Стефан (Яворский) утвердил Исаакия настоятелем самостоятельного Саровского монастыря, которому в том же году была отведена земля, основу владений составил вклад стольника князя Д.И. Кугушева. В январе 1711 г. в Москве Исаакий был представлен сёстрам царя Петра I – царевнам Марии Алексеевне и Феодосии Алексеевне, благодаря их заступничеству он получил разрешение на освящение в Саровском монастыре пещерной церкви во имя преподобных Антония и Феодосия Печерских. В январе 1715 г., находясь в Москве, Исаакий тяжело заболел, принял схиму с именем Иоанн, дав обещание оставить настоятельство, не священнодействовать и не проповедовать. Через некоторое время Иоанн выздоровел, но уже не принимал участия в делах монастыря. Пустынь осталась без настоятеля. В начале 1716 г. саровская братия просила митрополита Стефана (Яворского) разрешить Иоанну исполнять обязанности настоятеля. 16 марта того же года Иоанн получил благословение возглавить монастырь в сане иеросхимонаха. При нём были заложены основы благосостояния обители, которое, по мнению основателя Саровской пустыни, является необходимым условием для духовного процветания. Усилиями Иоанна обители отошла территория в 19 682 десятины, получившая название «дача единственного владения» или Саровская дача. Особое место в жизни Иоанна занимала миссионерская деятельность среди старообрядцев. Благодаря его трудам в православие перешли несколько заволжских старообрядческих скитов. В то время как церковные и светские власти боролись с расколом преимущественно карательными мерами, Иоанн практиковал проповедь и деятельное участие. Историк Пётр Семёнович Смирнов назвал его «миссионером по призванию».