Не хватало священнослужителей, и в 1875 г. прибывшие в Сан-Франциско четыре певца хора Славянского, учившиеся в духовных семинариях, были рукоположены Иоанном во иереев. В церковное богослужение стал вводиться английский язык; Иоанн издал на английском три проповеди, перевёл и напечатал акафист Спасителю, подготовил книгу «Из истории религиозных сект в Америке» с пятью подробными историко-критическими очерками основных направлений американского протестантизма (общий обзор, «Методизм», «Пресвитериане», «Церковь Епископальная», «Конгрегационалисты»). В описании «необыкновенного разнообразия религиозных особенностей в обществе американском» автор преимущественно использовал обширную англоязычную литературу, однако справочный аппарат в его книге отсутствует. По мнению исследователей, для стиля Иоанна, особенно проявившегося в данном труде, характерно сочетание фундаментального изучения предмета (здесь – вероучения и богослужебной практики протестантов) с эмоциональностью изложения. Однако миссионерская деятельность при Иоанне значительных результатов не давала. В письме на родину в начале 1871 г. он указывал, что американцам до догматов не было никакого дела: «Они равно посещают храмы всякого исповедания, только бы хорош был орган, хорошо пение или хороша проповедь. Церковная служба для них зрелище, и они рассчитывают, где приятнее им провести полчаса или час свободного времени». По словам П.С. Казанского, «наш Алеутский епископ не видит впереди ничего доброго от своего служения». Миссионерская проповедь на Аляске среди индейцев-колошей не давала результатов, многие русские уехали в Россию. Вторая в Ситке наряду с Михаило-Архангельским собором индейская Свято-Троицкая церковь по распоряжению Иоанна в 1872 г. была разобрана. В 1871 г. в селе Бельковский была сооружена новая часовня, в 1875 г. здесь образован отдельный Воскресенский приход, выделенный из Уналашкинского. При активной поддержке Иоанна в 1873 г. было получено разрешение на строительство в Кадьяке новой Воскресенской церкви на месте ветхой. По докладу Синода от 12 апреля 1877 г. Иоанн был уволен от управления епархией по состоянию здоровья и назначен членом Московской синодальной конторы. С 26 марта 1881 г. – настоятель Симонова монастыря в Москве с сохранением членства в Синодальной конторе. В эти годы Иоанн подготовил книгу «Жертва истинному Богу» в четырёх частях, темой которой являются ветхозаветные жертвоприношения, а также жертвенное служение Спасителя. 12 августа 1889 г. был высочайше утверждён доклад Синода о назначении Иоанна епископом Аксайским, викарием Донской епархии, которую возглавлял архиепископ Донской и Новочеркасский Макарий (Миролюбов).