«Русское общество всегда нуждалось в простой, но основательной истории Вселенских Соборов. Это сочинение изложено ясным лёгким общедоступным языком и всюду говорит подлинными документами, давая живую и наглядную картину событий». В апреле 1870 г. Священный Синод предложил Иоанну занять учреждаемую Американскую (Алеутскую и Аляскинскую) епархию. По мнению профессора Московской духовной академии Петра Симоновича Казанского, «пост епископа в Сан-Франциско более дипломатический, чем пастырский, и представитель там нашей Церкви должен обладать если не учёностью, то светской ловкостью и развязностью, чего никто не имеет из сих лиц… (Иоанн) человек, конечно, нисколько не подготовленный к сему служению, только восемь лет как кончил курс Академии». Впоследствии, в период настоятельства Иоанна в московском Симоновом монастыре, Владимир Карлович Саблер, как полагают исследователи, имея в виду простоту и доверчивость епископа, говорил об Иоанне: «Ведь это дитя». По словам епископа Никодима (Казанцева), при назначении в Америку Иоанну была «дана совсем особая инструкция, которой он уполномачивался основать свою кафедру даже в Калифорнии и с другими либеральными поручениями… Послали академиста и молодого, знакомого с современным европейским просвещением и знающего европейские живые языки: от него надеются выгод православию в Америке и уже, по крайней мере, просвещённой защиты». 10 июня 1870 г. из Камчатской, Курильской и Алеутской епархии была выделена самостоятельная Алеутская и Аляскинская епархия с официальным перенесением кафедры 29 июня 1872 г. из Новоархангельска (с 1867 г. – Ситка) в Сан-Франциско, что было связано с передачей русских владений в Северной Америке США в 1867 г. 5 июля 1870 г. в Троицком соборе Александро-Невской лавры Иоанн был хиротонисан во епископа Алеутского и Аляскинского, 29 августа выехал в Нью-Йорк, в сентябре того же года прибыл в Сан-Франциско. Статус кафедрального собора получила церковь во имя Александра Невского при деревянном архиерейском доме. Значительную часть богослужебной утвари и книг, раньше находившихся на одном из военных кораблей русского флота, пожертвовал командующий флотом великий князь Константин Николаевич Романов. В Сан-Франциско из Ситки перенесли лучшую часть ризницы, библиотеку и архив. В 1871 г. в Сан-Франциско открылись Аляскинское духовное правление и Архиерейская школа, также переведённая из Ситки, в ней при Иоанне занимались до 16 воспитанников. Архиерей преподавал Священное Писание и славянский язык. До 1873 г. действовала субботняя школа для детей прихожан. В том же году архиерейская церковь с учреждениями при ней была перенесена в западную часть города. В 1874 г. был высочайше утверждён новый штат кафедрального духовенства; организация «Греко-Русско-Славянская Православная Восточная Церковь и благотворительное общество» выкупила землю под кладбище, которое тогда же и было освящено.