В книге «Отпадение Западной Церкви от Восточной» Иоанн подробно остановился на взаимоотношениях христианского Запада и Востока при патриархах Фотии и Игнатии, меньше внимания уделил схизме 1054 г. и Ферраро-Флорентийскому собору 1437–1439 гг. Иоанн негативно, иногда в свойственных ему метафорических выражениях, отзывался о позиции Западной церкви: «Великие мастера в мутной воде рыбу ловить, авантюристы западной церкви, пользуясь смутными отношениями между восточными патриархами и Императором, изловчились завести в разных местах, составлявших область правления восточного… церкви и монастыри со своим устройством, со всеми характеристическими чертами церковно-богослужебного типа западного. Эти церкви и монастыри… обнаруживали тон горделивости и причиняли досаждение патриархам Константинопольским». «Укоризны Михаила Керуллария на латинян, исчисленные в его послании к патриарху Антиохийскому, правда, отзываются некоторой придирчивостью, но, припоминая пословицу: “против жару и камень лопнет”, мы поймём, что взрыв этот был как нельзя более естественным из-под пера Михаила Керуллария, так жестоко оскорблённого латинскими проходимцами». По мнению исследователей, Иоанну принадлежит также анонимная публикация «Происхождение рационалистических ересей в Русской Церкви». В ней подробно рассмотрены ереси духоборцев, молокан, штундобаптистов, хлыстов и скопцов. Представляет актуальность книга «Любителям Слова Божия на славянском наречии» (1890 г.), в которой Иоанн, демонстрируя незаурядную эрудицию, сопоставляет греческие, еврейские, латинские, английские, немецкие тексты и переводы отдельных труднопонимаемых слов и выражений Священного Писания и уточняет русский перевод. Иоанн являлся почётным членом Казанской духовной академии (избран 19 октября, утверждён 15 ноября 1897 г. «во внимание к его учёно-богословским трудам») и Московской духовной академии (с 18 сентября 1902 г. «в уважение его профессорской службы в Академии и учёных трудов по истории Древней Церкви и современных инославных исповеданий и сект»). Награждён набедренником (19 июня 1864 г.), орденами св. Владимира третьей степени (9 апреля 1889 г.), св. Анны первой степени (6 мая 1901 г.), св. Владимира второй степени (6 мая 1910 г.). С 26 ноября 1909 г. по 23 января 1910 г. временно управлял Донской епархией. По докладу Синода император Николай II указом от 9 апреля 1910 г. утвердил увольнение на покой Иоанна «по преклонности лет и слабости здоровья». Во время прощания Иоанна с донской паствой 2 мая кафедральный протоиерей Николай Викторович Кратиров преподнёс в дар епископу Аксайскую икону Божьей Матери. Согласно прошению, 21 апреля Иоанн был назначен управляющим Покрово-Болдинским монастырём Астраханской губернии. Определением Синода от 4–8 ноября 1913 г. освобождён от управления обителью «вследствие его просьбы по болезни и слабости сил» и оставлен в числе братии. Иоанн скончался «после продолжительной старческой немощи и болезни». Соборное отпевание 4 мая 1914 г. совершил викарный епископ Царёвский Иннокентий (Кременский) в монастырском соборе. Похоронен в Покровском Болдинском монастыре, в советское время кладбище уничтожено.