В функции Иоанна входило рассмотрение прошений о крещении и присоединении к православию, о разрешении браков, о рассмотрении ведомостей, составленных духовниками и цензорами. Он председательствовал в епархиальном ревизионном (16 августа 1891 г. – 21 апреля 1910 г.) и противостарообрядческом и противосектантском Миссионерском комитетах, состоял почётным членом Аксайского Богородичного братства и Иоанно-Богословского общества вспомоществования нуждающимся воспитанникам Донской духовной семинарии, помощником председателя Совета и его общих собраний, товарищем председателя Донского комитета миссионерского общества, с 19 октября 1895 г. по 21 апреля 1910 г. был товарищем председателя Донского отдела Православного Палестинского общества. В мае 1891 г. в Новочеркасске при подворье старочеркасского Ефремовского женского монастыря Иоанн освятил место для постройки храма в честь иконы Божьей Матери «Всех скорбящих Радость» (не сохранилась). 5 мая 1891 г. Донской архиепископ Макарий и Иоанн возглавили чин закладки нового, каменного Александро-Невского храма в Новочеркасске. 19 января 1897 г. Иоанн освятил главный престол этой церкви (сохранился). 17 октября 1893 г. вместе с архиепископом Макарием Иоанн участвовал в закладке кафедрального Вознесенского собора Новочеркасска, 23 июля 1900 г. освятил соборные колокола. 9 мая 1904 г. освятил нижнюю Покровскую церковь кафедрального собора, 25 июня сослужил архиепископу Донскому Афанасию (Пархомовичу) на молебне по случаю окончания строительных работ и 6 мая 1905 г. – в чине освящения главного престола (собор сохранился). 27 апреля 1897 г. Иоанн совершил чин закладки Георгиевской церкви на Колодезной улице в Новочеркасске в память спасения императорской семьи на станции Борки 17 октября 1888 г., а 18 октября 1898 г. освятил храм (сохранился) и произнёс проповедь. 6 ноября 1897 г. совершил освящение храма в честь Аксайской иконы Божьей Матери «Одигитрия» в станице Аксайской (ныне город Аксай). 4 сентября 1898 г. в Новочеркасском казачьем юнкерском училище (на углу Платовского проспекта и площади Ермака) освятил церковь во имя архангела Михаила, в которую пожертвовал напрестольное Евангелие. В 1890 гг. Иоанн публиковал статьи в «Богословском вестнике» и в приложениях к «Донским епархиальным ведомостям», несколько работ вышли отдельными изданиями («Любителям Слова Божия на славянском наречии», 1890–1893 гг.; «История св. Вселенских Соборов», 1893–1896 гг.; «Отпадение Западной Церкви от Восточной», 1897–1899 гг.; «Рационалистическое богословие перед судом Православия», 1899 г.). В них нашла отражение строго православная позиция автора; он отрицал каноничность англиканской иерархии, полемизировал со Львом Николаевичем Толстым и профессором Гейдельбергского университета представителем тюбингенской школы А. Хаусратом как с «передовым корифеем протестантской богословской учёности».