19 октября 1932 г. митрополит Александр без канонического суда исключил Иоанна из списка монашествующих Печерского монастыря. 3 (по другим данным, 4) ноября 1932 г. Иоанн был выселен из монастыря судебным приставом в присутствии чинов полиции и уполномоченного Синода ЭАПЦ. 19 декабря Нарвский епархиальный совет сообщил Иоанну резолюцию митрополита Александра от 17 декабря об условиях его вступления на Нарвскую кафедру, ограничивавших свободу совершения богослужений в нарвском кафедральном соборе. 28 декабря Иоанн обратился к митрополиту Александру с посланием, заявив о согласии «ради скорейшего умиротворения церковных недоразумений» на временное управление Нарвской кафедрой до получения ответа на ходатайство, посланное им Константинопольскому патриарху. 30 декабря последовал указ митрополита Александра о том, что Иоанн «больше не состоит на службе Эстонской Апостольской Церкви». Иоанн проживал в своём доме в Петсери с матерью как частное лицо. В январе 1934 г. выехал в Югославию по приглашению Сербского  патриарха Варнавы (Росича). По пути останавливался в Риге, где дал интервью русской газете «Сегодня», в котором подчеркнул, что православное русское население испытывает притеснения «главным образом, со стороны эстонской части православного духовенства», в то время как эстонское население и эстонские государственные деятели относятся доброжелательно «к нуждам православия». В Варшаве встречался с предстоятелем Православной церкви в Польше митрополитом Дионисием (Валединским). Был принят в Югославии патриархом Варнавой, побывал в Белграде и Сремски-Карловци, сослужил в русских православных храмах в юрисдикции РПЦЗ, прочёл лекцию о положении русского населения в Эстонии и в Советской России. По некоторым данным, Иоанну было предложено занять одну из архиерейских кафедр РПЦЗ, однако он отказался. 30 января отбыл из Белграда в Константинополь, где подал жалобу патриарху Фотию II, который, видимо, отказал ему в личной встрече. С мая по август 1934 г. находился в Святой земле. Помимо Иерусалима и Вифлеема посетил десятки населённых пунктов, почти все святые места, постоянно навещал русские обители, храмы и участки Русской Духовной миссии, часто сослужил митрополиту Анастасию (Грибановскому), объехал вместе с ним Галилею. Перед отъездом из Иерусалима вместе с митрополитом Анастасием совершил пострижение шести монахинь русской Горненской обители. После Палестины посетил Дамаск и Бейрут, встречался с Антиохийским патриархом Александром III, Бейрутским митрополитом Герасимом (Масаррой) и будущим митрополитом Гор Ливанских Илиёй (Карамом).