Под председательством Иоанна был организован кружок любителей старины. При монастыре действовала богадельня, в воскресные и праздничные дни паломники питались в бесплатной столовой. По инициативе Иоанна было подготовлено и издано под редакцией профессора Василия Ивановича Синайского иллюстрированное издание «Псково-Печерский монастырь» (Рига, 1929 г.). Иоанн состоял товарищем председателя третьего и четвёртого Соборов ЭПЦ в 1922 и 1924 гг. На Соборах избирался членом Синода ЭПЦ (с 1923 г. – в юрисдикции Константинопольского патриархата, с июля 1926 г. – Эстонская Апостольская Православная Церковь; ЭАПЦ) от русских приходов Печорского края. С 13 по 20 июня 1925 г. был командирован в Финляндию, в Спасо-Преображенский Валаамский мужской монастырь для ознакомления с его бытом и устройством. С 9 июля был представителем ЭПЦ на Соборе Финляндской православной церкви в городе Сортавала. С 23 октября по 3 ноября того же года находился в Риге по церковным делам для выяснения вопроса об общецерковном имуществе бывшей Рижской епархии. 25 апреля 1926 г. хиротонисан во епископа Печерского. Хиротонию в таллиннском соборе во имя князя Александра Невского совершили Таллиннский митрополит Александр (Паулус), архиепископ Нарвский Евсевий (Гроздов). Иоанн возражал против требований Синода ЭАПЦ по модернизации богослужения в соответствии с западными традициями, выступал против перехода церкви на григорианский календарь, при нём в Печерском монастыре вопреки предписаниям Синода службы шли по юлианскому стилю. В феврале 1928 г. Иоанн воспротивился решению высших церковных властей зарегистрировать всё монастырское имущество как синодальное. Согласно законодательству Эстонии, такое решение снимало угрозу отчуждения монастырской собственности эстонским государством в связи с реализацией закона об упразднении сословных имуществ от 12 ноября 1925 г. Иоанн был вынужден согласиться с решением Синода при условии получения доверенности на управление монастырским имуществом. Для урегулирования вопроса в обитель была направлена инвентаризационная комиссия Синода. Положение Иоанна осложнялось тем, что комиссию возглавлял П.Я. Пятс, брат Президента Эстонской республики, в прошлом один из школьных наставников Иоанна, рекомендовавший его для поступления в духовную семинарию. П.Я. Пятс взял хозяйственную жизнь обители под свой контроль.