В августе 1928 г. Иоанн участвовал во втором съезде Русского студенческого христианского движения (РСХД), который прошёл в Печерском монастыре. Иоанн активно боролся за сохранение в Таллинне православного Александро-Невского храма, который пыталась уничтожить группа депутатов-лютеран. В ноябре-декабре 1928 г. составил «Чин молебствия о сохранении соборного храма св. благоверного великого князя Александра Невского в городе Ревеле от насильственного разрушения». В июле 1929 г. был делегатом на третьем съезде РСХД в Пюхтицком в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыре. В 1930 г. избран членом центрального совета движения в Париже. В 1931 г. в Пюхтицком монастыре прошёл общепастырский съезд духовенства. В 1929 г. Иоанн стал депутатом Парламента Эстонии, где защищал интересы православной церкви и русского меньшинства. В декабре того же года направил на рассмотрение парламента запрос о городском самоуправлении города Петсери. В начале 1930 г. Иоанн вместе с депутатом священником В. Смирновым представил в парламент проект облегчения долгового бремени и внедрения долгосрочных кредитов для крестьян Печорского края. В 1931 г. неоднократно выступал в Государственном собрании Эстонской республики при обсуждении законопроекта об упорядочении недвижимого имущества ЭАПЦ. С 15 по 17 июня 1932 г. в Таллинне проходил пятый Собор ЭАПЦ, на котором решался вопрос о замещении Нарвской кафедры, вдовствующей после кончины архиепископа Евсевия (Гроздова). 14 июня представителями Нарвской епархии в качестве кандидата в архиереи был избран протоиерей Анатолий Фёдорович Остроумов, настоятель Успенского собора города Тарту. Однако эстонское большинство Собора проголосовало за перемещение на Нарвскую кафедру Иоанна вопреки его несогласию и протестам о нарушении канонических правил. Позднее митрополит Александр прямо признал, что решение о перемещении Иоанна с Печерской кафедры было принято «ввиду уклонения его в должности настоятеля Печерского монастыря от подчинения Уставу Эстонской Православной Церкви и от исполнения предписаний Высшей церковной власти». Иоанн заявил, что не оставит Печерский монастырь и что готов остаться там простым монахом. Иоанну было указано выехать из монастыря до 1 августа 1932 г. Он не подчинился этому решению, и указом митрополита Александра от 2 августа был запрещён в священнослужении в церквах епархии, в том числе и в Печерском монастыре; указом от 11 августа официально отрешён от должности настоятеля Печерского монастыря.