В середине августа через Константинополь прибыл на Афон, где провёл около месяца, обойдя всю Святую Гору, служил в Пантелеимоновом монастыре, в Ильинском и Андреевском скитах. Оставил подробный дневник этого путешествия. Составляемые секретарём Иоанна архидиаконом Вениамином (Петуховым) подробные отчёты о путешествии регулярно помещались в газете «Старый Нарвский листок». В начале октября 1934 г. Иоанн вернулся в Югославию, где прожил четыре года. Неоднократно говорил о желании принять предложение предстоятеля РПЦЗ митрополита Антония (Храповицкого), с которым долгие годы состоял в дружеской переписке и которого очень почитал, войти в состав Архиерейского Синода РПЦЗ. Участвовал в работе различных синодальных органов РПЦЗ, но документов о формальном присоединении его к Синоду опубликовано не было. С октября 1934 г. жил в монастыре Раковица близ Белграда, где брал уроки в открытой Пимена Максимовича Софроновым иконописной школе. В июле 1937 г. участвовал в похоронах Сербского патриарха Варнавы. Летом 1938 г. переехал в Эстонию, жил в Петсери у родных. Не имея ни средств к существованию, ни возможности совершать богослужения и участвовать в церковно-общественной жизни, высказывал намерение заняться крестьянским трудом. После присоединения Эстонии к СССР митрополит Александр (Паулус) предлагал министру внутренних дел ЭССР М. Унту назначить Иоанна окормлять русские приходы, но ответа не получил. 18 октября 1940 г. Иоанн был арестован. Патриарший Местоблюститель митрополит Сергий (Страгородский; впоследствии Патриарх Московский и всея Руси) в письме от 13 декабря 1940 г. митрополиту Александру (Паулусу) признал Иоанна в звании епископа Печерского и предложил определить ему архиерейское служение. Иоанн был помещён в тюрьму Таллинна, потом переведён в тюрьму НКВД в Ленинграде. Его обвиняли в том, что «в проповедях с амвона выступал против Советского правительства и Коммунистической партии... Вёл оголтелую антисоветскую агитацию среди населения Эстонии и за пределами её... Состоял членом многих контрреволюционных монархических организаций... (в том числе) председателем комиссии для собирания материалов по биографиям погибших при Советской власти в России русских архипастырей, пастырей и церковных деятелей с целью издания их потом в печати». 18 апреля 1941 г. Ленинградским областным судом приговорён к расстрелу. После вынесения смертного приговора содержался в ленинградской тюрьме «Кресты». 30 июля того же года расстрелян (предположительно под Гатчиной), похоронен в безвестной могиле.