Высшая ступень молитвы – добровольная остановка всех внутренних движений. Внимание Иоанна Саба сосредоточено на внутренней молитве. Так, объясняя значение земных поклонов во время молитвы, он говорит: «Постоянное падение пред Богом есть тайна: это мир, который падает, так что тот, кто постоянно творит их, умирает миру и воскресает в бессмертии со Христом» (Беседа 15). Однако телесные формы практики необходимы на любой стадии духовной жизни. Внутренние движения молитвы включают псалмопение и чтение Священного Писания, но самое главное – это размышление, предполагающее собирание чувств и умирение сердечных движений, которые концентрируются на предмете созерцания. К размышлению относятся у Иоанна Саба также и богословские рассуждения об отношении бесконечных свойств Божьих к конечным, тварным. Наиболее глубокой внутренней молитвой Иоанн Саба считал постоянное занятие ума Богом, или памятование о Боге (выражение взято у грекоязычных писателей), т.е. «взгляд, постоянно обращённый к Нему». Но субъективно это памятование есть простое движение души, обращённое внутрь, прямо в сердце. Техническими средствами для достижения этого у Иоанна Саба являются краткие молитвы, например, «Боже, направи стопы моя!» и подобные, повторяемые непрестанно. Очищение, согласно Иоанну Саба, сопровождается особым внутренним действием благодати в сердце. Однако эта благодать действует не постоянно, а с перерывами, как бы «находами», которые следуют в течение всей жизни подвижника. Иоанн Саба подробно останавливается на действиях различных бесов и на способах борьбы с ними. При этом, как у многих аскетических писателей, бесы действуют, не только проникая в мысли человека, но и доставляя ему боль, вызывая раздражение кожных покровов, чихание, смущая психофизическими феноменами (голосами, свистом и криками). Контакт бесов с душой мыслится Иоанном Саба как «вселение». Согласно Иоанну Саба, бесы не имеют прямого доступа к душе и не знают её устройства. Они поселяются в членах тела и воздействуют на чувства и только через них получают доступ к душе. Особое место в учении о бесовских обманах у Иоанна Саба занимают видения и явления, которые смущают новоначальных. Он описывает различные нападения бесов сладострастия, хулы, гнева, уныния, которыми инока пытаются извлечь из тишины (или уединения). Главное оружие инока против бесовских нападений – «отразительный метод» (обличение беса), памятование о Боге и крестное знамение. Второй этап духовной жизни, ведущий подвижника к «совершенному бесстрастию», – это этап освящения и просвещения. Очищение постепенно воспламеняет душу «Христовым огнём», и она становится «святой». Иоанн Саба связывает очищение с «внешним» человеком, а освящение с «внутренним», так что одно предполагает другое, и «в душе воссиявает Свет Святой Троицы» (Беседа 9).