Сочинения Иоанна Саба принадлежат к трём жанровым группам: это 1) слова/беседы (мемры), 2) послания/письма и 3) сотницы/главы о ведении. Количество бесед в рукописях колеблется от 25 до 28, писем – от 48 до 51. Из восьми сотниц подлинными считаются лишь первая, половина второй и пять речений из седьмой; остальные принадлежат Иосифу Хаззая. 49 писем Иоанна Саба изданы Р. Бёле (1978 г., с французским переводом) и переизданы М. Хансбери (2006 г., с английским переводом). 15 бесед Иоанна Саба опубликовала ученица Р. Бёле Н. Хайят (2007 г., с французским переводом). Темы бесед различны: о внимании, о действиях Святого Духа, о бесе блуда, о бесе хулы, об умозрении, о дарах Божьих, о молитве к северу, о пользе молчания и т.д. Труды Иоанна Саба, находившиеся сначала под запретом в Церкви Востока, по мнению исследователей, были впоследствии исправлены писцами несторианской ориентации. Однако дошли они исключительно в рукописях западно-сирийской (яковитской) традиции, причём исследователи не исключают возможность редактирования пассажей, которые могли смутить яковитов. Так, в рукописях везде, где упоминается «Госпожа Мария», вставлено слово «Богоматерь», не употребляемое в Церкви Востока. В XII или XIII в. сочинения Иоанна Саба были переведены на арабский язык, в XVI в. был сделан эфиопский перевод арабской версии. В результате Иоанн Саба стал известен в арабской и эфиопской письменности под именем Духовный Старец (аш-Шейх ар-Рухани и Арагави Мэнфэсави). Рукописи, находившиеся в монофизитской среде, не пользовались большой популярностью; к эпохе Ренессанса они оказались в западноевропейских хранилищах. Несколько рукописей осталось на Востоке (Мосул), но существенного влияния на западно-сирийскую книжность сочинения Иоанна Саба не оказали. До ХХ в. они были практически не известны в науке. Первая и восемнадцатая беседы Иоанна Саба, конец двадцатой и восемнадцатое послание попали в сборник, известный в Византии и в славянском мире под именем Исаака Сирина, – компиляцию, созданную в лавре св. Саввы Освященного в Палестине в IX в. и состоящую из первого тома творений Исаака Сирина и сочинений других авторов (в русском переводе соответственно Слова 8, 68, 20 и 9). Поскольку корпус Иоанна Саба включает сочинения аскетической и мистической направленности, определение его богословских воззрений в других областях для исследователей весьма затруднительно. О них исследователи составляют лишь некоторое представление на основе обвинительных свидетельств. Причисление Иоанна Саба к «мессалианам», по мнению исследователей, было мотивировано использованием им образов «смешения» божественного и человеческого (Письмо 34) и игнорированием учительного авторитета церковной иерархии.