В 1246 г., после смерти болгарского царя Коломана I Асеня, Иоанн III Дука Ватац предпринял широкую кампанию на Балканах и захватил значительные территории в Северной Фракии и Македонии, в том числе Фессалонику; в 1247 г. взял крепости Цурул и Визия. Эти успехи определили гегемонию Никейской империи на землях Византии. В 1249 г. по мирному договору с Эпиром Иоанн III Дука Ватац получил Прилеп, Велес и Крою (Крую), вассальную зависимость от Никеи признали Иоанн II Эпирский, получивший титул деспота, и албанский князь Гулам. К началу 1250 гг. Иоанн III Дука Ватац благодаря искусной дипломатии и успешным военным действиям смог собрать под своей властью большинство бывших византийских земель на Балканах и в западной Малой Азии, устранить всех основных политических конкурентов в борьбе за византийское наследство (Болгарию, Эпир, Трапезунд). Румские султаны, ослабленные монгольским нашествием, находились в подчинённом союзе с Никеей, а Латинской империи принадлежал Константинополь с ближайшими окрестностями. В 1249 г. папа Иннокентий IV, опасаясь союза Иоанна III Дуки Ватаца и Фридриха II Штауфена, прислал к Иоанну III Дуке Ватацу посольство во главе с Иоанном Пармским. Были возобновлены переговоры об унии, но достичь соглашения не удалось. В 1253–1254 гг. Иоанн III Дука Ватац отправил посольство в Рим, предлагая папе Иннокентию IV отказаться от активной помощи латинянам в Константинополе в обмен на уступки в деле объединения церквей. Однако переговоры не дали результата и были прерваны в связи со смертью Иоанна III Дуки Ватаца и Иннокентия IV. Иоанн III Дука Ватац был похоронен в Сосандрском монастыре близ Нимфея. Почитание Иоанна III Дуки Ватаца возникло сразу после его смерти, он именовался «милостивым» за широкую благотворительность и справедливость, память праздновалась 4 ноября. Иоанну III Дуке Ватацу были посвящены Житие, составленное Пелагонийским епископом Георгием, анонимное Похвальное слово, Погребальная речь Георгия Акрополита, Похвальное слово Константина Акрополита, Похвальное слово императора Феодора II Ласкаря. Сохранился также канон неизвестного автора в рукописи XV в. Служба, составленная в честь Иоанна III Дуки Ватаца Никодимом Святогорцем, была издана в 1872 г. в Константинополе Эфесским митрополитом Агафангелом. В ХХ в. служба этому императору была написана монахом Герасимом Микраяннанитом. По мнению Деметриоса Констанделоса, причиной почитания Иоанна III Дуки Ватаца стала его социальная политика – земельная реформа и покровительство ремесленникам. В настоящее время честная глава Иоанна III Дуки Ватаца хранится в монастыре Дусику (Греция).