В начале 1230 гг. перевес сил в военном противостоянии на Балканах был в пользу Болгарского царства. Царь Иоанн II Асень стал регентом малолетнего латинского императора Балдуина II. В 1230 г. болгары разбили войско Феодора Эпирского в битве при Клокотнице, в результате чего почти вся Фракия и Македония оказались под властью Болгарии. Усиление Болгарии привело к тому, что латиняне избрали нового регента – титулярного короля Иерусалима Иоанна Бриенния (прибыл в Константинополь в 1231 г.). Иоанн II Асень в ответ разорвал заключённую ранее унию с Римом и начал переговоры о союзе с Иоанном III Дукой Ватацем. Не последнюю роль в сближении Болгарии и Никеи сыграл патриарший экзарх митрополит Христофор Анкирский, посетивший Болгарию и Эпир в конце 1232 – начале 1233 гг. и поддержавший разрыв унии Болгарской и Римско-католической церквей. В завоёванных болгарами областях произошла замена латинских и греческих епископов верными Константинопольскому патриарху в Никее иерархами. В этот же период, опасаясь угрозы со стороны Иоанна Бриенния, Иоанн III Дука Ватац возобновил переговоры с Папским престолом. В 1232 г. в Никею прибыли пять монахов-миноритов, бежавших из сельджукского плена. С ними в Рим было передано послание патриарха Германа II папе Григорию IX. В мае 1233 г. из Рима отправилось посольство в составе монахов-доминиканцев Гуго и Петра и францисканцев Аймо и Раульфа вместе с письмами папы патриарху Герману и священству Востока. 15 января 1234 г. посольство прибыло в Никею; в течение четырёх месяцев проходили переговоры и диспуты о вере (вначале в Никее, затем в Нимфее), которые окончились разрывом и взаимными обвинениями в ереси. Разрыв отношений с Римом сделал ещё более важным для Иоанна III Дуки Ватаца сотрудничество с Болгарией. В конце 1234 г. был заключён военно-политический союз между Никеей и Болгарией. Тогда же сын Иоанна III Дуки Ватаца Феодор женился на дочери Иоанна Асеня Елене. Весной 1235 г. патриарх Герман II с согласия восточных патриархов признал автокефалию Болгарской  православной церкви, а Тырновский архиепископ Иоаким I получил титул патриарха. Грамоты с согласием восточных патриархов в Болгарию привёз Сербский архиепископ Савва I. В союзе с Болгарией Иоанн III Дука Ватац начал решительное наступление на Латинскую империю. Никейцы заняли Галлипольский полуостров и ряд крепостей в бассейне реки Марицы. Осенью 1235 г. объединённые никейско-болгарские силы подошли к стенам Константинополя и начали осаду, но успешная вылазка латинян во главе с Иоанном Бриеннием и приближение зимы заставили их отступить.