Весной 1224 г. в битве при Пиманиноне Иоанн III Дука Ватац разбил латинское войско, захватил в плен севастократоров и приказал их ослепить. В результате этой победы никейцы овладели Мисией и анатолийским побережьем Дарданелл. В городке Олкос Иоанн III Дука Ватац начал строить флот для продолжения войны с латинянами. Он узнал о заговоре во главе с двоюродным братом Андроником Нестонгом, повелел сжечь флот и отправился на подавление заговора. Большая часть заговорщиков подверглась лёгким наказаниям, причём Нестонг спустя некоторое время бежал из заключения к туркам, вероятно, по негласной договорённости с Иоанном III Дукой Ватацем. Осенью 1224 г. Иоанн III Дука Ватац заключил мир с Латинской империей, по условиям которого к Никее были присоединены город Пиги и почти все прежние владения латинян на азиатском берегу Мраморного моря, кроме Никомидии (ныне Измит, Турция) и восточного берега Босфора. Успехи Иоанна III Дуки Ватаца совпали по времени со стремительным расширением владений Эпирского деспотата, правитель которого Феодор Ангел Комнин Дука в 1226 г. был провозглашён императором в недавно отвоеванной у латинян Фессалонике. К этому же времени относится первая попытка Иоанна III Дуки Ватаца закрепиться в европейской части бывшей Византии. В середине 1220 гг. многие считали, что Латинская империя в Константинополе должна вскоре погибнуть. В 1224 г. жители Адрианополя просили Иоанна III Дуку Ватаца принять город под своё покровительство, однако присланный из Никеи гарнизон уступил город эпирскому деспоту Феодору. Коронация Феодора Эпирского была негативно воспринята в Никее. В 1227 г. Иоанн III Дука Ватац созвал Собор в Никее, в котором участвовали сорок митрополитов во главе с патриархом Германом II. Собор отправил в Фессалонику послание с требованием к Феодору отказаться от ношения знаков императорской власти, т.к. «у ромеев не может быть двух императоров и двух патриархов» («вторым патриархом» здесь назван архиепископ Охридский Димитрий II Хоматиан, который короновал Феодора и утверждал, что Охридская кафедра имеет патриаршие права со времени правления императора Юстиниана). Иоанн III Дука Ватац стремился расширить владения в регионе Эгейского моря и конкурировать с флотами итальянцев. Уже в первые годы правления ему удалось создать флот и присоединить к своим владениям несколько островов в северо-восточной части Эгейского моря: Лесбос, Самос, Хиос, Аморгос и др. Никейский флот совершал нападения на венецианские колонии, захватил Галлиполи (ныне Гелиболу, Турция). В начале 1230 гг. Иоанн III Дука Ватац попытался завладеть Родосом, которым правил кесарь Лев Гавала, союзник венецианцев. Никейцы дважды высаживались на острове, разграбили его, но не смогли взять крепость. В 1234 г. они напали на принадлежавший Венеции Крит, но вскоре их эскадра была разбита бурей. Венецианцы вернули себе Галлиполи. Родос был присоединён к Никее лишь в 1250 г.