Для защиты прав православных в Прибалтике составил инструкцию по оценке поземельных повинностей, которые они несли в пользу лютеранского духовенства, и предписал губернаторам неукоснительно её придерживаться. Считал прямой задачей правительства поддержку воссоединения униатов Холмского края с православной церковью, но осуждал насильственное присоединение униатов, административное давление на них. Рекомендовал в качестве компромисса разрешить перешедшим в православие униатам строить храмы на собственные средства и совершать в них богослужения по своему обряду с приглашением униатских священников. Министерство внутренних дел принимало участие через своего представителя в проходивших с апреля по октябрь 1881 г. переговорах российского правительства с Ватиканом. Н.П. Игнатьев считал возможным пойти на уступку католикам, отменив принятые после Польского восстания ограничительные меры в отношении католического духовенства, но настаивал на преподавании русского языка, словесности и истории в католических семинариях Польши. Ватикан признал обязательность преподавания этих предметов. Н.П. Игнатьев считал старообрядцев «крепкими русскими людьми, не поддающимися иностранному влиянию, нигилистической пропаганде», но невежественными. Деятельность министерства при Н.П. Игнатьеве была направлена на то, чтобы прекратить преследования старообрядцев. Из заключения были освобождены некоторые старообрядческие епископы. Н.П. Игнатьев удовлетворял ходатайства старообрядцев об открытии молельных домов, но призывал строго преследовать «совращения в раскол», настаивал на уточнении семейных списков старообрядцев. В 1882 г. Н.П. Игнатьев предложил императору Александру III созвать во время коронационных торжеств, назначенных на 1883 г., совещательный Земский собор из выборных представителей от дворян, купцов и крестьян. Считал, что эта мера укрепит доверие общества к самодержавной власти и послужит символом единения императора с народом. Видел в Соборе средство борьбы с революционным движением и бюрократизмом, хотел предоставить ему на обсуждение реформу местного управления. Александр III усмотрел в проекте угрозу самодержавию и 30 мая 1882 г. отстранил Н.П. Игнатьева от должности. До конца жизни Н.П. Игнатьев оставался членом Государственного совета (был назначен 2 декабря 1877 г.). В 1884 г. возглавил комиссию, занимавшуюся разработкой положения об управлении Туркестанским краем. Летом 1906 г. просил великого князя Николая Николаевича ускорить строительство Амурской железной дороги между Читой и Хабаровском.