Н.П. Игнатьев участвовал в приобретении для России Синайского кодекса, древнего списка Библии, обнаруженного в монастыре великомученицы Екатерины на Синае. При посредничестве архимандрита Антонина вёл переговоры с монастырём, которому было выделено 7 тыс. руб. на нужды библиотеки, а монахи получили ордена и награды. Официальный акт подношения списка императору Александру II был подписан 18 ноября 1869 г. Синайский кодекс был помещён в Императорскую публичную библиотеку в Санкт-Петербурге. В 1857 г. Н.П. Игнатьев впервые посетил Миры Ликийские, где находились руины собора во имя Николая Чудотворца (IV в.) и разрушенная могила св. покровителя Н.П. Игнатьева. До конца жизни он вынашивал идею восстановления храма и возвращения в него мощей святителя Николая из Бари. Приобрёл участок в Мирах Ликийских, права на который раньше принадлежали Андрею Николаевичу Муравьёву, на имя своей тёщи княгини Анны Матвеевны Голицыной. По предложению Н.П. Игнатьева туда на жительство приехали два монаха из Пантелеимонова монастыря на Афоне. Обратившись в Святейший Синод 31 августа 1871 г., добился права на сбор в России средств на сооружение монастыря в Мирах Ликийских, однако реализацию проекта приостановила Русско-турецкая война 1877–1878 гг. В начале Восточного кризиса 1875–1877 гг. Н.П. Игнатьев пытался разрешить его путём двусторонних переговоров между турецким султаном и российским императором, однако встретил возражения А.М. Горчакова, который намеревался действовать через Союз трёх императоров (России, Германии и Австро-Венгрии). На конференции послов европейских держав в Константинополе (декабрь 1876 г. – январь 1877 г.) Н.П. Игнатьев добился принятия решения о предоставлении национальной автономии Болгарии, Боснии и Герцеговине и другим восставшим провинциям Османской империи. Турция отказалась выполнить это решение. Во время Русско-турецкой войны Н.П. Игнатьев состоял в свите Александра II. 12 декабря 1877 г. получил титул графа, 16 апреля 1878 г. – чин генерала от инфантерии. На заключительном этапе войны подготовил текст Сан-Стефанского мирного договора, который был подписан им же 19 февраля 1878 г. и согласно которому признавалась независимость Сербии, Черногории и Румынии, автономия Боснии и Герцеговины, создавалось зависимое от Османской империи княжество в Болгарии, России отходили Южная Бессарабия и ряд территорий в Закавказье.