В 1870 г. греческие монахи обители отказались признать избрание игуменом русского монаха Макария (Сушкина). В результате участия Н.П. Игнатьева, предоставившего монастырские акты и заручившегося поддержкой германского и американского послов, избрание Макария 27 июля 1874 г. было утверждено, а обитель навсегда закреплена за русскими монахами. Чтобы обезопасить их от возможности изгнания с Афона, Н.П. Игнатьев исходатайствовал у наместника на Кавказе великого князя Михаила Николаевича разрешение основать для них обитель на Черноморском побережье Кавказа. В 1875 г. был основан Новоафонский во имя святого апостола Симона Кананита монастырь. Исследователи полагают, что в бытность послом в Османской империи Н.П. Игнатьев вложил в Русский монастырь великомученика Пантелеимона Родословную и Разрядную книгу. Другим важным для посольства вопросом было присутствие Русской церкви в Палестине. Большой заслугой Н.П. Игнатьева было предотвращение разрыва Русской и Иерусалимской церквей. Весной 1865 г. Иерусалимский патриарх Кирилл II, будучи в ссоре с начальником Русской духовной миссии в Иерусалиме архимандритом Леонидом (Кавелиным), запретил ему на некоторое время служить в св. местах. Российский Святейший Синод воспринял этот шаг как преднамеренное оскорбление. Н.П. Игнатьев прилагал все усилия к тому, чтобы примирить стороны: по его просьбе император Александр II послал патриарху Кириллу II письмо, после чего патриарх отправил Святейшему Синоду примирительную грамоту от 16 июля 1868 г. В 1865 г. Н.П. Игнатьев добился, чтобы миссию возглавил настоятель посольской церкви в Константинополе архимандрит Антонин (Капустин), которому он доверял. Н.П. Игнатьев поддерживал его в деле приобретения участков земли в Палестине даже вопреки позиции Святейшего Синода, возражавшего против покупки земель. 12 апреля 1872 г. предписал консулу в Иерусалиме Василию Фёдоровичу Кожевникову ни в коем случае не отчуждать приобретённые участки. Н.П. Игнатьев отстаивал интересы русских паломников в Палестине. Когда в октябре 1866 г. сирийская пароходная линия была признана невыгодной для российского Общества пароходства и торговли и временно отменена, Н.П. Игнатьев приказал её восстановить. Вместе с архимандритом Антонином пытался улучшить контингент русского паломников в Иерусалиме, искоренить нищенство и бродяжничество среди них. Ходатайствовал перед Правительством России, чтобы из страны не выпускали паломников, у которых окажется с собой менее 150 руб. серебром, а также лиц, склонных к излишнему употреблению спиртных напитков, чтобы возвратившимся паломникам запрещалось торговать вывезенными из Палестины предметами почитания и производить сборы денег на св. места. Однако эти предложения не получили одобрения.