Во время пребывания в обители особое дружеское общение с Иеронимом имели архимандрит Антонин (Капустин), архимандрит Леонид (Кавелин), С.И. Пономарёв, Константин Николаевич Леонтьев. В 1871 г. К.Н. Леонтьев приехал в Пантелеимонов монастырь и прожил там больше года под руководством Иеронима. Он называл Иеронима своим «катехизатором и старцем», который «учил общему и руководил частностями». Иероним оставил богатое наследие в виде уставов, правил для иноков, наставлений, назидательных рассказов из своего духовнического опыта. Большая часть этих сочинений издана. Вёл обширную переписку, которая содержит важные сведения о жизни Пантелеимоновой обители. Эпистолярное наследие Иеронима исследователи условно делят на монастырскую корреспонденцию и письма личного характера. Иногда письма с его слов составлял его ближайший ученик схиархимандрит Макарий (Сушкин). Круг лиц, с которыми обитель вела переписку, был чрезвычайно широким. Письма Иеронима, имеющие личный характер, адресованы некоторым афонцам, в частности, братии, которая находилась на послушаниях вне Афона, родным, духовным чадам, благотворителям и др.: епископу Иеремии (Соловьёву; в схиме Иоанн), архимандриту Леониду (Кавелину), Н.П. Игнатьеву, П.И. Севастьянову, С.И. Пономарёву, Ф.А. Терновскому. Часть писем Иеронима после его смерти была возвращена корреспондентами в монастырь, иногда с их комментариями. Большое количество писем, в том числе их копий, выполненных духовными чадами, находится в российских архивах: Архив внешней политики Российской империи, Российский государственный исторический архив, Российский государственный архив литературы и искусства, Отдел рукописей Российской национальной библиотеки, Отдел рукописей Российской государственной библиотеки, Центральный государственный архив Республики Мордовии, а также в Институте рукописей протоиерея Корнелия Кекелидзе (Тбилиси). Письма Иеронима частично изданы, работа по их выявлению продолжается. Иероним обладал слабым здоровьем, в последние годы жизни редко выходил из келлии. 1 октября 1885 г., в день праздника Покрова Пресвятой Богородицы, в последний раз посетил Покровский собор. 16 ноября 1885 г. соборное отпевание и погребение Иеронима в Пантелеимоновом монастыре возглавил бывший Пентапольский митрополит Нил. Во время заупокойных богослужений произошли чудесные случаи исцеления двух паломников после прикосновения к телу усопшего. 19 июня 1890 г. по афонской традиции была открыта могила Иеронима, и извлечены его останки. Заупокойные богослужения при этом возглавил бывший Константинопольский патриарх Иоаким III. По свидетельству письменных источников и предания, после кончины Иеронима на Афоне и в России происходили его чудесные явления, сопровождавшиеся благодатной помощью.