По словам архимандрита Леонида (Кавелина), «из русских общежительных обителей лишь братство Оптиной пустыни, и то в цветущий её период, при жизни приснопамятных старцев её… могло бы идти в сравнение с братством Русской Афонской обители по своему духовному устроению, которое есть прямой плод правильного духовного воспитания». В 1882 г. Иероним составил духовное завещание, в котором призвал насельников хранить общежительные правила: старческое руководство, повиновение игумену, братолюбие, а также поминовение имён благотворителей монастыря. Иероним воспитал множество иноков-подвижников, среди них: ближайший ученик схиархимандрит Макарий (Сушкин), схиархимандрит Андрей (Верёвкин; ум. в 1903 г.) – настоятель монастыря в 1889–1903 гг.; схиархимандрит Нифонт (Четвериков; ум. в 1905 г.) – игумен обители в 1903–1905 гг.; иеросхимонах Сергий (Веснин; ум. в 1853 г.) – духовный писатель, известный как Серафим Святогорец; иеромонах Арсений (Минин; ум. в 1879 г.) – первый настоятель московской Пантелеимоновской часовни и Новоафонского монастыря; монах Азарий (Попцов; ум. в 1878 г.) – исследователь, писатель, переводчик, член-корреспондент Церковно-археологического общества при Киевской духовной академии; схиархимандрит Рафаил (Трухин; ум. в 1901 г.) – игумен Саровской пустыни в 1889–1894 гг., начальник Русской духовной миссии в Иерусалиме в 1894–1899 гг.; схимонах Аркадий (Любовиков; ум. в 1908 г.) – переводчик, составитель церковных служб и акафистов; схимонах Матфей (Ольшанский; ум. в 1911 г.) – собиратель библиотеки Пантелеимонова монастыря, член-корреспондент Французской Академии Наук, член Афинского историко-этнографического общества, сотрудник Русского археологического института в Константинополе; иеросхимонах Михаил (Савицкий; ум. в 1911 г.) – настоятель подворий в Ростове-на-Дону и Таганроге; иеросхимонах Агафодор (Буданов; ум. в 1920 г.) – афонский духовник; иеросхимонах Нафанаил (Кобелев; ум. в 1890 г.) – антипросоп (представитель) Русского Пантелеимонова монастыря в афонском Протате; иеросхимонах преподобный Аристоклий (Афонский (Амвросиев; ум. в 1918 г.) – настоятель Пантелеимоновской часовни и Афонского подворья в Москве; схиархимандрит Иерон (Васильев) – игумен Новоафонского монастыря в 1880–1912 гг.; архимандрит Иларион (Кучин; ум. в 1927 или 1928 г.) – игумен Новоафонского монастыря в 1912–1924 гг. Большое значение в России имела деятельность духовных чад Иеронима, писателей и миссионеров иеросхимонаха Парфения (Аггеева) и схиархимандрита Михаила (Козлова). Кроме братии своей обители Иероним имел на Афоне множество духовных чад – русских, болгар, греков, грузин, молдаван, сербов и представителей других национальностей. Он учредил в монастыре раздачу бедным инокам и пустынножителям Афона денег, продуктов, одежды. Келлиоты получали церковную утварь, облачения и другие необходимые для богослужения предметы. По сообщению консула в Македонии Михаила Александровича Хитрово, «множество келлиотов афонских существует исключительно подаяниями монастыря». В 1874 г. на помощь истратили около 10 тыс. руб., к 1900 г. эта сумма достигла 40 тыс. руб. в год, не считая расходов на раздачу хлеба.