Под руководством Иеронима русской братией Пантелеимонова монастыря в Сухумском отделе Закавказского края был основан Новоафонский во имя святого апостола Симона Кананита мужской монастырь (1875 г.). На подворьях в Константинополе и Одессе (учреждены в 1870–1880 гг.) получали бесплатный приют паломники. Также были открыты хозяйственные подворья в Таганроге и Ростове-на-Дону. В Москве была поставлена часовня во имя великомученика Пантелеимона, сначала при московском в честь Богоявления мужском монастыре (1873 г.), затем в отдельном пятиэтажном здании (с 1883 г.) на Никольской улице; устроено подворье (1879 г.) с приютом для увечных воинов – участников Русско-турецкой войны 1877–1878 гг. Начатая Иеронимом в 1850 г. просветительно-издательская деятельность монастыря была продолжена и расширена при московской часовне, в большом объёме бесплатно распространялась литература. В 1878–1887 гг. выходил журнал «Душеполезные размышления» (с 1888 г. – «Душеполезный собеседник»). В издательской деятельности Пантелеимонову монастырю помогали и с ним сотрудничали: Феофан Затворник, Сербский  митрополит Михаил (Йованович), Херсонский архиепископ Димитрий (Муретов), Херсонский архиепископ Никанор (Бровкович), Томский епископ Пётр (Екатериновский), архимандрит Леонид (Кавелин), архимандрит Антонин (Капустин), архимандрит Иустин (Полянский; впоследствии епископ), иеромонах Никон (Рождественский; впоследствии архиепископ), протоиереи А. Ковалевский, Михаил Путинцев, Павел Алексеевич Матвеевский, Иван Никитич Полисадов, Виктор Петрович Гурьев, священники Николай Иванович Воинов, Николай Павлович Румянцев, миряне – учёные и деятели культуры Степан Иванович Пономарёв, Филипп Алексеевич Терновский, Алексей Афанасьевич Дмитриевский, Николай Васильевич Елагин, Виктор Ипатьевич Аскоченский, А.А. Греков и др. Иероним укреплял монастырское общежитие, существовавшее в Пантелеимоновой обители в ранний период её истории и восстановленное в 1803 г. грамотой Константинопольского патриарха Каллиника V. На основе афонской традиции к 1 января 1881 г. Иероним составил первый в истории обители письменный общежительный «Устав Русского на Афоне святого великомученика и целителя Пантелеимона общежительного монастыря». Он регламентировал все стороны монастырской жизни, порядок церковных служб, обязанности по послушаниям, келейное правило и внекелейное поведение. Особое значение Иероним придавал послушанию, откровению помыслов, частой исповеди и причащению. В письме Павла Борисовича Мансурова Фёдору Дмитриевичу Самарину от 5 октября 1888 г. отмечалось, что благодаря действию этого «наиболее строгого из афонских уставов» о братии монастыря можно сказать, что «она есть высшее, по общему признанию, что есть на Афоне и, без сомнения, во всём русском монашестве» (Отдел рукописей Российской государственной библиотеки).