На некоторых иконах изображается Казанский образ Богоматери (например, на иконе Иннокентия первой половины XIX в. под записью XX в. работы местного иконописца, ризница церкви Воздвижения Креста в Иркутске) – прославление иркутской чудотворной Казанской иконы Божьей Матери началось в 1720 гг., когда Иннокентий прибыл в Восточную Сибирь. Внутри каждой из двух указанных иконографических групп существует несколько вариантов: поясные или ростовые образы; изображение Иннокентия в разных видах архиерейского облачения: в парадном богослужебном (саккос, омофор, митра, палица, наперсный крест, панагия, жезл), в малом архиерейском (мантия с омофором или без него, митра или клобук). Архиерейский жезл в руке Иннокентия бывает с разными навершиями (в виде двух змей или буквы «Т»), иногда с сулоком. Наперсный крест, как правило, является равноконечным с утолщёнными концами, панагия – овальной формы с одной или тремя подвесками. В надписях святой нередко именуется первым епископом Иркутским. В иконописном подлиннике Виктора Доримедонтовича Фартусова 1910 г. Иннокентий описан как «типа русскаго… со средней величины бородой, с проседью; в саккосе, омофоре и митре». На портрете из Иркутского областного музея, на гравированных эстампах и многих написанных в Иркутске иконах подчёркивается горбинка на носу Иннокентия – следствие травмы, полученной им во время служения священником на флоте. Важным памятником в иконографии Иннокентия является большой ростовой образ начала XIX в. с частицей мощей (собор Знаменского монастыря в Иркутске), стилистически близкий к портретам (святитель показан в интерьере вполоборота вправо, облачён в светлый с орнаментами саккос, омофор и митру, в руке жезл). Написанная на холсте икона первой половины XIX в. (Кяхтинский краеведческий музей имени Владимира Афанасьевича Обручева) представляет святителя с яркими индивидуальными чертами, в мантии и расшитом орнаментами омофоре, с благословляющей десницей, с высоким жезлом в левой руке. О широте распространения икон Иннокентия свидетельствуют овальный образ около 1833 г. из иконостаса придела Всех святых в Воскресенском соборе Арзамаса (Иннокентий с чётками в правой и с крестом в левой руке), иконы-пядницы конца XIX – начала XX в. из Киево-Печерской лавры (Киево-Печерский музей-заповедник), из домовой церкви мученицы Александры царицы в Русской духовной миссии и Вознесенского монастыря на Елеонской горе в Иерусалиме, большое полотно из Нововалаамского монастыря в Финляндии (после 1911 г.; Иннокентий вместе с Иоасафом Белгородским). Исследователям известны две иконы Иннокентия с клеймами жития и чудес.