Сведений о наличии собственной иконописной мастерской в Вознесенском монастыре в XIX в. не выявлено, но исследователям известно, что в 1898 г. здесь была открыта школа живописи. Скорее всего, для изготовления продаваемых в обители живописных икон привлекались иркутские мастера, получавшие заказы на наиболее востребованные типы изображений. Значительный запас иконок Иннокентия имел также Иркутский архиерейский дом, Иркутские иерархи в поездках по епархии брали с собой эти иконы для подарков. В настоящее время обнаружено более 200 икон Иннокентия, что позволяет исследователям определить устойчивые особенности его иконографии. Основную часть произведений они делят на две группы: одна имеет прототипом ранний портрет-икону из собрания Иркутского областного музея (благословляющий святитель с архиерейским жезлом в левой руке), другая – как полагают исследователи, портрет из дома Лушниковых (местонахождение исследователям неизвестно), на котором, по описаниям, Иннокентий был изображён с крестом в деснице. Этот вариант встречается на живописных иконах-портретах первой половины XIX в. (музей-заповедник «Ростовский кремль»), второй трети XIX в. (Забайкальский краевой краеведческий музей имени Алексея Кирилловича Кузнецова). Образ Иннокентия, входивший в портретную галерею Киевской духовной академии, хранится в собрании Киево-Печерского музея-заповедника (около 1869 г.). В большинстве икон этого извода святитель не сжимает рукой конец креста (икона конца XIX – начала XX вв., Иркутский областной музей), а всей ладонью прижимает его к груди, в левой руке он, как правило, держит чётки (церковь Воздвижения Креста в Иркутске, Казанская церковь в посёлке Тельма Усольского района Иркутской области). Распространению такого иконографического извода, в котором подчёркивалась роль Иннокентия как миссионера и проповедника, способствовал гравированный эстамп, исполненный после канонизации Иннокентия в Москве в манере мастера Платона Петровича Бекетова (в технике пунктира). Эстампы на бумаге и на шёлке, отпечатанные большими тиражами, использовались в качестве иконных образцов. Исследователям известны два варианта таких изображений Иннокентия: с образом Божьей Матери «Знамение» (согласно надписи, «Сибирская»; 1839 г., Российская государственная библиотека) или Всевидящего Ока Божия, от которого падает луч на фигуру Иннокентия (Исторический музей). Аналогичный лист послужил образцом для двух икон Иннокентия первой половины XIX в. (Музей Андрея Рублёва), где на груди Иннокентия под мантией изображён только крест, без панагии. Одна из них происходит из Спасо-Влахернского монастыря. В отличие от гравюры слева на фоне написаны два ангела, поддерживающие Тихвинский образ Божьей Матери как напоминание о том, что мощи Иннокентия прославились чудесами в деревянной Тихвинской церкви Вознесенского монастыря.