Представителями передовой грузинской интеллигенции с целью сохранения грузинских культурных ценностей были созданы Общество распространения грамотности среди грузин (1879 г.), Церковный музей (1888 г.) и Историко-этнографическое общество (1907 г.), занимавшиеся поиском, хранением и изучением уцелевших в церквах, монастырях и хранящихся у населения памятников материальной и письменной культуры. Для обеспечения лучших условий хранения коллекции всех трёх организаций в 1929–1930 гг. были переданы в Государственный музей истории Грузии (ГМИГ), где в 1930 г. был сформирован Отдел рукописей. Рукописям фонда Церковного музея была присвоена литера А, Историко-этнографического общества – Н, Общества распространения грамотности – S. Для новых поступлений был создан фонд Q. В дальнейшем из каждого фонда были выделены исторические документы, которым присвоили литеру d (Ad, Hd, Sd и Qd). Рукописи и исторические документы на иностранных языках (греческом, армянском, латинском, русском, арабском, персидском, турецком, сирийском, еврейском, эфиопском, немецком, французском, польском, английском и монгольском) были собраны в Восточный фонд и обозначены соответствующими расширениями шифров (Ar., Р., Tur., Arm., Gr., Ros. и др.). Рукописи Каджарской коллекции фонда обозначены литерой K, памятники среднеазиатского происхождения – AC, найденные на территории Грузии – L. Личные архивы грузинских, русских и иностранных государственных общественных деятелей, писателей и учёных XIX – начала XX вв. стали базой архивного собрания. Также был создан фонд микро- и фотоплёнок, где хранятся микро- и фотокопии фондов других грузинских музеев и архивов, а также грузинских материалов зарубежных книгохранилищ. Сегодня собрание составляют фотокопии почти всех коллекций грузинских рукописей, хранящихся за рубежом. Создан фонд электронных версий рукописей. В 1958 г. на базе Отдела рукописей ГМИГ по инициативе академика Ильи Владимировича Абуладзе был образован Институт Рукописей, с 1962 г. носящий имя академика протоиерея Корнелия Самсоновича Кекелидзе. Отдельное здание в городке Академии Наук Грузинской ССР институт получил в 1965 г. Первым директором стал И.В. Абуладзе (1958–1966 гг.), затем Институтом Рукописей руководили академик Елена Павловна Метревели (1966–1988 гг.), академик Заза Николаевич Алексидзе (1988–2006 гг.), с 2006 г. Институт Рукописей возглавляет профессор Буба Кудава. С 2006 г. Институт Рукописей – независимая от Академии Наук Грузии научно-исследовательская организация.