Евразийцы стали критиками софиологии, находя в ней элементы православного модернизма, В.Н. Ильин же считал учение Сергия Булгакова главным вкладом XX в. в догматическое развитие христианства. В 1928 г. В.Н. Ильин принял участие в семинаре Сергия Булгакова, сделав доклад по натурфилософской проблематике софиологии. Он отмечал, что «софийное мировоззрение не есть эзотеризм, а благодатная срединность, благодатное единство. Все дробные системы асофийны». Проводя параллель с естественнонаучным сознанием, В.Н. Ильин сравнивал теологумен Софии в богословии с гипотезой эфира в науке, считая, что с гипотезой Мировой Премудрости связана постановка проблемы назначения мира и пространства, их метаматериального характера. В 1935 г., в год осуждения софиологии Московской патриархией и РПЦЗ, В.Н. Ильин поддержал Сергия Булгакова. София представляет, по В.Н. Ильину, tertium datur по отношению к Богу и миру, Божество в Боге и в мире. «Есть в Создателе Нечто, могущее стать и ставшее Своим образом в твари, есть и в твари Нечто, могущее стать вместилищем и, следовательно, образом Творца. Тайна эта принадлежит столько же Богу, сколько и твари (человеку). Тайна эта – тайна Боготварности, Богочеловечества. А так как человек содержит в себе и отображает всю вселенную, весь мир, то отсюда и космичность этой Боготварной, Богочеловеческой тайны». Сергий Булгаков нашёл в авторе статьи своего единомышленника. Он писал о статье немецкому издателю Фрицу Либу: «Она блестяща и была бы очень полезна в качестве комментария к софиологической проблематике». Однако критиками софиологии эта статья В.Н. Ильина была воспринята как противоречащая православию. Игумен Иоанн (Шаховской) считал, что подобное развитие софиологии есть крайность и является извращением самого понятия «Творца» и «творения»: «Здесь развивается учение посложнее: учение об извечном и личном предсуществовании всей Твари – до своего сотворения Богом! В чём же состояло тогда «творение»? В изменении, в модуляции предвечного и совечного Богу Личностного Творения – Софии?». В письме Н.А. Бердяеву от 23.06.1943 г. В.Н. Ильин сообщал: «В конце концов я пришёл к мнению, которого держусь и по сей день, что существует основная грандиозная, творчески-конструктивная, хотя и трагическая антиномия русской философии (которую я считаю в наше время такой же великой, как и русскую музыку). Это антиномия – свободы и Софии. Я написал в 1938 г. большую работу «Свобода и бытие», где изложил эту теорию, но нигде её напечатать не смог. А между тем там я высказал взгляды на одинаковую необходимость и гениальность метафизики свободы (вашей) и софиелогии (о. Сергия). Мне даже пришло в голову, что, быть может, в моё призвание входит синтезировать софиелогическую метафизику и метафизику свободы, тем более что это вполне входило в мой замысел общей морфологии, которую я пишу всю свою жизнь».