Свою заслугу в философии В.Н. Ильин видел в создании морфологической логики или «всеобщей иконологии бытия», в которой синтезируются монадология, неоплатонизм с неопифагореизмом и морфология (учение о форме-эйдосе вещи). В формировании морфологии В.Н. Ильина существенная роль принадлежит также натурфилософии Иоганна Вольфганга фон Гёте, морфологии истории О. Шпенглера, гносеологии интуитивизма Анри Луи Бергсона и Н.О. Лосского, учению о форме и ценности у неокантианцев, феноменологии Эдмунда Гуссерля, теории «объективов» Алексиуса фон Мейнонга. В.Н. Ильин даёт множество определений морфологии, усматривая в ней возможность реализовать идею целостного мировоззрения, столь характерную для эпохи Серебряного века русской культуры. Кроме того, в морфологии ему виделась идея максимально универсальной, генерализующей и организующей науки. Так, он определяет морфологию как «универсальную организующую науку, где созерцание и действие, ценность и бытие составляют одно целое. Это, прежде всего, универсальная математика и логика, универсальная кибернетическая наука, объединяющая логику, математику, номотетические науки (законоустанавливающие) о природе и идиографические о культуре». Основные морфологические идеи В.Н. Ильина выражены в работе «Статика и динамика чистой формы...» (1955 г.) предваряются в морфологии постановкой проблем основоначал и диалектикой сознания. Сознание мыслится им как «мышление мышления», имеющее соборно-единосущную и интуитивную природу. Вхождение в сверхличное сознание является условием участия субъекта в живом экзистенциальном диалоге. Всякое стремление к познанию, самораскрытию и росту есть определённого рода проявление универсального стихийного стремления к свету (всеобщий тропизм). Свет есть первое условие существования и восприятия формы, один из ключевых символов христианской культуры, приобретающий в морфологии В.Н. Ильина особо важное значение. «Свет – это то, что делает возможным как существование, так и восприятие формы в качестве универсального первобытия». Широта замысла В.Н. Ильина позволяет включить в рамки морфологии математику (существенную роль здесь играет теория множеств Георга Кантора, аритмология Николая Васильевича Бугаева, лимитизм Каллистрата Фалалеевича Жакова).