3 декабря 1910 г. в докладной на имя обер-прокурора епископ Феодор возразил против предложенного конкурса и просил, в случае его проведения, чтобы И.М. Громогласов к нему допущен не был. 8–9 декабря того же года Синод отклонил ходатайство ректора и предписал Московскому митрополиту Владимиру (Богоявленскому) после рассмотрения дела предоставить документально обоснованные сведения о направлении и об образе мыслей И.М. Громогласова в церковном и политическом отношении. В декабре 1910 г. И.М. Громогласов совершил двухнедельную поездку в Санкт-Петербург, где обратился за поддержкой к главноуправляющему землеустройством и земледелием Александру Васильевичу Кривошеину, а через него к обер-прокурору Святейшего Синода Сергею Михайловичу Лукьянову и к митрополиту Антонию (Вадковскому). «Громогласовская история» привела к обострению отношений между митрополитами Антонием и Владимиром. Епископ Феодор обратился за поддержкой к Вологодскому и Тотемскому епископу Никону (Рождественскому; впоследствии архиепископ), который в печати вновь резко критиковал публикации И.М. Громогласова 1906 г. В ответ в объяснительной записке на имя обер-прокурора И.М. Громогласов писал, что публикации, на основании которых его обвиняют, были приняты к печати, статья в «Богословском вестнике» прошла цензуру, а за отсутствие крайностей в его статье в «Московском еженедельнике» ручается его редактор князь Евгений Николаевич Трубецкой. Сборник же «Перед Церковным Собором» издан комиссией «Союза 17 октября», которую «нельзя упрекнуть в антицерковных и антигосударственных тенденциях». Епископ Феодор продолжал добиваться отстранения И.М. Громогласова, в письмах профессору Казанской духовной академии Илье Степановичу Бердникову называл И.М. Громогласова «прохвостом», «безудержным хулиганом» и «либералишкой». 20 декабря 1910 г. епископ Феодор подал митрополиту Московскому очередную докладную записку. 25 января 1911 г. митрополит Владимир (Богоявленский) в Представлении в Синод дал ответ епископ Феодору, в котором выразил мнение, что оставление И.М. Громогласова в академии будет «подливанием горючего материала» для «красного огонька, который в академиях ещё не потух» после движения 1905 г. 16 мая 1911 г. И.М. Громогласов был вынужден подать прошение об увольнении. 17 мая указом Святейшего Синода он был уволен с выплатой единовременного пособия в размере годового оклада (курс лекций не был завершён). Дело И.М. Громогласова вызвало реакцию не только в академическом Совете. 4 января 1911 г. Павел Васильевич Тихомиров (бывший преподаватель Московской духовной академии, уволенный в 1908 г.) в статье в газете «Голос Москвы» изложил свой взгляд на историю дела о замещении кафедры, объявив профессоров А.И. Введенского и С.С. Глаголева зачинателями гонения на И.М. Громогласова, указав на их отрицательную роль во внутриакадемических конфликтах.