И.М. Громогласов стал одной из жертв политики удаления («чистки») либеральных и революционно настроенных преподавателей из духовных академий, проводимой Святейшим Синодом с 1908 («ревизии в духовных академиях») по 1912 гг. Так называемая «громогласовская история» вызвала широкий общественно-церковный резонанс. 16 августа 1910 г. освободилась должность профессора на кафедре церковного права Московской духовной академии. Перед увольнением по выслуге лет за штат профессор Н.А. Заозёрский предложил кандидатуру И.М. Громогласова как крупного специалиста в этой области, уже несколько лет ожидавшего данной вакансии. 6 и 13 октября 1910 г. на заседании Совета Московской духовной академии рассматривался вопрос о замещении вакантной должности профессора кафедры. Ректор академии епископ Феодор (Поздеевский; впоследствии архиепископ) выдвинул собственного кандидата – приват-доцента Николая Дмитриевича Кузнецова. Н.А. Заозёрский настаивал на кандидатуре И.М. Громогласова, т.к. Н.Д. Кузнецов, по его мнению, проявил себя преимущественно в публицистических, а не в научных трудах. Епископ Феодор обвинил И.М. Громогласова на основе публикаций 1906 г. в периодической печати в политической неблагонадёжности «по отношению к царскому самодержавию и во вредном влиянии на академию». Он предложил снять с него обвинение, если И.М. Громогласов не станет претендовать на должность, в противном случае будет стоять вопрос об увольнении И.М. Громогласова из академии. Выдвинутые условия по требованию возмущённой преподавательской корпорации были занесены в Журнал заседаний Совета. Согласно письму И.В. Попова архиепископу Арсению (Стадницкому), профессоры Алексей Иванович Введенский и Сергей Сергеевич Глаголев подали в Совет академии заявление, в котором ставили под сомнение научную компетентность И.М. Громогласова, а по мнению И.В. Попова, просто сводили с ним «личные счёты... на почве академических дрязг». В результате голосования оба кандидата получили примерно одинаковое число голосов (8 против 7). Епископ Феодор обратился в Синод за поддержкой кандидатуры Н.Д. Кузнецова. 18 ноября того же года Московский митрополит Владимир (Богоявленский) доложил в Синод, что разделяет мнение ректора об утверждении в должности Н.Д. Кузнецова. В тот же день И.М. Громогласов обратился с докладной запиской, в которой заявил о нарушении норм ведения дела по замещению кафедр, о несправедливом его обвинении в антицерковности на основании одной статьи, без учёта его литературно-научной деятельности в целом. 29 ноября 1910 г. Синод, рассмотрев дело, объявил новый конкурс на вакансию. Согласно исследованиям протодиакона Сергея Алексеевича Голубцова, указ Синода о конкурсе не был доведён до сведения Совета академии.