Они встретились с членами Святейшего Синода, которые выступили противниками реформы, а также с новоназначенным обер-прокурором князем Алексеем Дмитриевичем Оболенским (с 20 октября 1905 г.), её поддержавшим. 5 ноября того же года Синод отказал в автономии академиям, а 11 ноября по вызову обер-прокурора И.М. Громогласов вместе с профессорами И.В. Поповым и П.В. Тихомировым был командирован от Московской духовной академии для специального совещания «по выработке мероприятий к успокоению академий». Итогом проведённых совещаний стали выработанные «Временные правила» для духовных академий. Впоследствии вопрос об академической реформе рассматривался в пятом отделе Предсоборного Присутствия 1906 г. при участии И.М. Громогласова. С 1906 г. написал ряд церковно-публицистических статей либерального характера в «Богословском вестнике», «Московском еженедельнике» и сборнике «Перед Церковным Собором». В частности, обвинил в бездушии архиепископа Антония (Храповицкого), выступившего против амнистии участников антиправительственного движения. В статье «Бастилия духа» с сочувствием отозвался об острокритическом сборнике «Духовная школа» (М., 1906 г.), из которого можно было сделать вывод, что духовная школа, как Бастилия, должна быть разрушена и перестроена от основания, поскольку изжила себя и доведена до банкротства и разложения. Недостатки школы И.М. Громогласов объяснял сословным характером духовного образования и трудностью подготовки пастырей одновременно с обучением их по общеобразовательной программе. Однако в целом взгляды И.М. Громогласова не отличались особым радикализмом. 23 октября 1908 г. защитил магистерскую диссертацию на тему «Определения брака в Кормчей и значение их при исследовании вопроса о форме христианского бракозаключения» (Сергиев Посад, 1908 г. Выпуск 1). Оппонент Н.А. Заозёрский сравнил работу с золотым слитком, особо отметив «точность юридического мышления и сжатость языка». Значительно более сдержанными были отзывы Павла Васильевича Гидульянова и архиепископа Антония (Храповицкого). 29 января 1909 г. И.М. Громогласов был утверждён в звании магистра, его сочинение было удостоено Макариевской премии. 2 апреля 1909 г. назначен доцентом, 10 декабря 1910 г. – экстраординарным профессором Московской духовной академии кафедры истории и обличения русского раскола. Одновременно с 12 февраля 1909 г. по 17 октября 1913 г. (по другим сведениям, по май 1916 г.) был инспектором классов Мариинского женского училища, а с 16 мая 1911 г. также преподавал русскую словесность и всеобщую историю в Московской женской гимназии Л.Н. Громогласовой (Дуловой).