Особое положение среди сборников латинских переводов занимает манускрипт Российской национальной библиотеки (Погодинский сборник) – список с черновика перевода латинских библейских книг. Порядок расположения текстов в нём не случаен. Сборник начинается с Книги премудрости Соломона, отдельные чтения которой были известны по славянскому Паремийнику, далее следуют восполняющие старый перевод главы из Книг пророка Иеремии и пророка Иезекииля, затем остальные недостающие книги по порядку расположения их в Вульгате. Строго выдержанный порядок в рукописи, созданной более чем полстолетия спустя после появления своего протографа, является, по мнению исследователей, подтверждением того, что первоначально переведённые из Вульгаты книги существовали в едином томе, при распространении их произошло разделение на отдельные тетради, каковые, очевидно, предполагалось вплетать в уже существовавшие рукописи. Этапы работы по составлению Геннадиевской Библии прослеживаются при анализе рукописного наследия Геннадиевского литературного кружка. 13 рукописей из 21 манускрипта, непосредственно связанного с работой над Геннадиевской Библией, датируются 1480–1490 гг. – первым пятилетием XVI в. и имеют новгородское происхождение; они отражают различные этапы создания полного библейского свода. Одной из наиболее ранних рукописей является Толковый Апокалипсис конца 1480 гг. (Российская национальная библиотека). На полях листов 6–7 приведены параллельные латинские фрагменты к тексту Апокалипсиса (1–6 стихи первой главы), толкования латинскими соответствиями не сопровождаются. На сегодняшний день это – единственный известный связанный с Геннадиевской Библией манускрипт, латинские записи в котором выполнены латиницей (обычно латинские слова и тексты передавались кириллицей). Латинские фрагменты написаны опытным писцом, хорошо владевшим латинской графикой и принадлежавшим к чешской или немецкой школе. С определённой осторожностью исследователи утверждают, что эти фрагменты представляют собой единственный известный ныне автограф переводчика Вениамина, отражающий один из этапов сверки славянских переводов с Вульгатой. Рукопись Толкового Апокалипсиса в 1493 г. (после завершения работы над переводами с латыни для Геннадиевской Библии) была отправлена из Новгорода на Соловки, о чём свидетельствуют запись на листе 90 об. и экслибрис игумена Соловецкого монастыря Досифея (расположение экслибриса на поле говорит в пользу того, что рукопись была исполнена не по заказу соловецкого игумена, но передана ему после завершения). К началу 1490 гг. относится новгородское Пятикнижие (Российская национальная библиотека) с многочисленными исправлениями на полях, сделанными по латинскому тексту и учтёнными в Геннадиевской Библии. В сборнике Российской национальной библиотеки (новгородский, начало 1490 гг., в состав сборника входят книги Иисуса Навина, Судей, Руфь, 1–4 Царств, Есфири) запись о несовпадении текста главы 17  первой Книги Царств с Вульгатой сопровождается переведённой с латыни вставкой, не включённой, впрочем, в Геннадиевскую Библию. По мнению исследователей, в то же время или немного раньше появилась рукопись Толковых пророчеств (Исторический музей), также происходящая из Геннадиевского кружка, в которой сохранились редакторские пометы относительно несоответствия латинского текста славянскому (записи сделаны напротив текстов Иез. 47, Иер. 25, 52, Вар. 1, 5, Посл. Иер. 6, Дан. 13, 1). Все эти заметки были учтены в Геннадиевской Библии.