Следующий период работы над переводами с латыни отражён в Толковых пророчествах (Российская национальная библиотека), датированных 1492 г. и выполненных по заказу иеромонаха Досифея. Славянский текст Толковых пророчеств в этой рукописи восполнен недостающими главами Книг пророка Иезекииля (Главы 45–46) и пророка Иеремии (Главы 1–25, 46–52). Тетради с недостающими главами написаны иными почерками, нежели основной текст, и не вошли в потетрадную нумерацию – славянский текст, как полагают исследователи, был дополнен новым переводом уже после того, как основная работа была выполнена. Вставленные позже тетради с переведёнными с латыни главами Книги пророка Иеремии присутствуют и в другой рукописи Толковых пророчеств (Российская государственная библиотека, середина 1490 гг.). Дополнения главами 45–46 Книги пророка Иезекииля и главами 46–52 Книги пророка Иеремии выявлены ещё в двух новгородских рукописях Толковых пророчеств – Российской национальной библиотеки и Российской государственной библиотеки (обе – конца 1490 гг.). Перевод глав 1–25 Книги пророка Иеремии в эти списки включён не был, на соответствующем месте обе рукописи сохранили редакторские пометы. Наряду с распространением в отдельных списках книг, переведённых для Геннадиевской Библии с латыни, в конце XV в. библейский кодекс переписывался целиком. Этим временем датируется фрагмент полного библейского свода (второй том трёхтомника) Библиотеки Академии Наук, имеющий общий протограф с полным списком Геннадиевской Библии Исторического музея. Однако рукописи несколько отличаются по составу: рукопись Библиотеки Академии Наук содержит переведённое с латыни Житие Иеронима Стридонского. В тексте Жития присутствуют черты, свойственные древнейшим его латинским редакциям, к XV в. сохранившимся в хорватской, венгерской и чешской литературах; Исследователи предполагают, что в Новгород листок с текстом Жития был привезён Вениамином. Полное или частичное копирование Геннадиевской Библии, которое активно шло после 1493 г., прервалось в 1504 г. в связи с удалением архиепископа Геннадия с кафедры и со ссылкой его в Чудов монастырь. Интерес к Геннадиевской Библии как к полному библейскому кодексу возродился в 1550 гг., по мнению исследователей, в связи с зарождением на Руси книгопечатания. Известны три полных списка Геннадиевской Библии, относящиеся к 1550–1560 гг.: Иоакимовская Библия (Исторический музей, написана в 1558 г. монахом суздальского Спасо-Евфимиева монастыря Иоакимом по заказу царя Ивана IV Васильевича), Исторического музея 1550–1560 гг. и Исторического музея 1560 гг.  Два первых списка тождественны по составу с наиболее ранним полным списком Геннадиевской Библии Исторического музея; кодекс Исторического музея восходит к рукописи Библиотеки Академии Наук. Текстологические данные свидетельствуют о том, что библейские кодексы XVI в. написаны с других оригиналов, нежели список 1499 г., что позволяет исследователям говорить как минимум о двух, а скорее, о нескольких первоначальных списках полной русской Библии. При издании Иваном Фёдоровым в 1580/1581 г. Острожской Библии была использована несохранившаяся копия Геннадиевской Библии, полученная из Москвы. При подготовке острожского издания отдельные тексты были заново переведены с греческого, некоторые книги отредактированы, исключены комментарии, предисловия Иеронима Стридонского и дополнительные статьи.