При передаче «g» в позиции перед гласными переднего ряда «г» зафиксировано наряду с «j»: Gersom > Герсонь (2 Пар. 29:12), Genthon > Енфон (Неем. 10:6), Agista > Аиста (3 Езд. 5:32). «H» получило два варианта отражения: «г»/«х» или отсутствие графемы: Hur > Гур (1 Пар. 2:20), Misahel > Мисагель (Неем. 8:4), Hore > Хоре (1 Пар. 2:43), Hiera > Хера (1 Пар. 8:7), Hus > Ус (1 Пар. 1:42), Heman > Емань (1 Пар. 25:1). Подобное прочтение «g» и чтение «h», произносившегося в Средние века лишь в германском и западнославянском языках, вместе восходят к чешскому способу чтения латинских текстов и соответствуют отражению данных фонем в чешском средневековом переводе Библии. Кроме того, для Геннадиевской Библии характерна передача латинского «u» через славянское «о» в заимствованных из латыни словах, например, «кардос» (2 Пар. 25:18; лат. cardus), что также характерно для чешской средневековой латыни. Встречающиеся в текстах лексические богемизмы часто сопровождаются русскими соответствиями на полях, например, к слову «мѣста» (1 Пар. 2:23) дана глосса «городкы» (лат. oppida; ср. чеш. mĕsto – город). В латинских переводах Геннадиевской Библии присутствуют также лексические и грамматические заимствования из сербохорватского языка. Характерной особенностью перевода является употребление сербохорватских форм родительного падежа множественного числа существительных женского рода: «въсходы горах» (Иф. 4:6). На основании языковых данных большинство исследователей в начале XX в. (Алексей Иванович Соболевский, И.Е. Евсеев) считали переводчика Вениамина выходцем из Хорватии. В последние десятилетия получила распространение гипотеза о том, что Вениамин был чехом, а сербохорватские языковые элементы появились в переводе вследствие того, что в Эммаусском монастыре использовались списки Библии на хорватском изводе церковнославянского языка (в основанном хорватами-глаголяшами Эммаусском монастыре во всё время существования богослужение совершалось на хорватском изводе церковнославянского языка, использовались хорватские книги Священного Писания). В подтверждение этой гипотезы исследователи замечают, что сербохорватские элементы не встречаются в других, кроме библейских, атрибутируемых Вениамину текстах – в «Слове кратком противу тех, иже в вещи священныя, подвижныя и неподвижныя, вступаются и отъимати дерзают» и в переводе компиляции из сочинений Лактанция. После завершения 1 августа 1493 г. перевода библейских книг с латыни началось их распространение отдельными сборниками. Наиболее интересен для исследователей в этом отношении двухтомник из библиотеки Иосифова Волоколамского монастыря (Российская государственная библиотека) новгородского происхождения, написанный одной рукой и датируемый второй половиной 1490 гг., – единственный полный отдельный список латинских книг Геннадиевской Библии, современный переводу. Манускрипт содержит запись: «Се тетрати писаны на Иосифа на Волок». Рукопись Российской национальной библиотеки, 1490 гг., представляет собой 16 плохо сохранившихся отдельных листов, вырезанных из единого блока, содержавшего Книги 1–2 Ездры и Неемии. Свидетельства бытования переведённых с латыни библейских книг в самостоятельных тетрадях сохранили несколько более поздних рукописей: Исторического музея (Прем.), Исторического музея (3 Езд.), Российской национальной библиотеки (21 глава 1 Пар., книги Тов. и Иф. с предисловиями; до 1775 г. рукопись принадлежала Кириллову Белозерскому монастырю).