Калькирование затрагивает как сферу лексики, так и сферу грамматики, в результате чего при переводе, в частности, глагольных форм, появлялись искусственные образования: «вниден есмь» (лат. ingressus sum), «внидоша суть» (ingressi sunt), «насыщахомся есмы» (saturati sumus). Для обозначения направления движения переводчик часто использует дательный или винительный падежи без предлога, буквально копирующие латинский оригинал: «иде оттуду Газу» – «abiit inde Gazam» (1 Макк. 11:61), «внидошя двор» – «intraverunt curiam» (1 Макк. 12:3). Следствием буквализма являются грамматические несогласованности в славянском тексте, связанные с изменением при переводе числа или рода существительного, в то время как число или род зависящего от него прилагательного соответствует форме латинского оригинала. В некоторых случаях грамматический строй перевода отходит от латинского текста, возможно, в целях архаизации языка. В славянском тексте часто употребляется дательный притяжательный, соответствующий латинскому родительному притяжательному, порой в переводе рядом встречаются формы дательного и родительного притяжательного: «начало болезнем и мнозех стенаний» – «initium gemitus et copiosi suspirantium» (3 Езд. 16:18), «стада овець и скотом» – «greges ovium et armentorum» (2 Пар. 32:29). Исследователи полагают также, что с целью архаизации переводчик использует славянские формы двойственного числа (не систематически). Принцип калькирования активно применяется и в сфере лексики. Зачастую переводчик прибегает к поморфемному переводу латинских слов: «корабляти» – «navigare» (3 Езд. 4:23), «подцаревич» – «subregulus» (3 Езд. 6:18), «подградиа» –  «suburbana» (2 Пар. 11:14) и т.п. Стремлением буквально следовать латинскому тексту обусловлен основополагающий для переводчика Геннадиевской Библии принцип лексической эквивалентности, т.е. передачи латинской лексемы одной славянской, причём во внимание не принимаются полисемия и синонимия как в церковнославянском, так и латинском языках. Для существительных и прилагательных соответствия подбираются с учётом основы слова. При переводе глаголов за семантическую базу принимается чаще всего корень, однако в ряде случаев эту роль берёт на себя приставка. Латинские переводы Геннадиевской Библии несут на себе влияние и других языков (в частности, чешского), которое наиболее отчётливо прослеживается при передаче собственных имён. Латинское «b», как правило, передаётся через кириллическое «в», например: Balaana > Валаана (1 Пар. 1:49), Sennacherib > Сенахерив (2 Пар. 32:10), Thobias > Товиа (Тов. 1:23) и т.п. В позиции латинского «b» перед лабиализованным «u» в славянских соответствиях происходит выпадение звука, свидетельствующее о прочтении «b» как билабиального «w»: Jebusaei > Еусея (2 Пар. 3:1), Zabulon > Заулон (1 Пар. 2:1). Подобное произношение характерно для средневекового чешского чтения латинских текстов, установившегося под влиянием французского чтения. Латинское «g» перед гласными непереднего ряда, как правило, передается как «г»: Asiongaber > Асионговер (2 Пар. 8:17), Envagan > Енъвагана (2 Езд. 8:45) и т.п. Однако в этой же позиции зафиксировано отсутствие славянского аналога буквы «g»: Gazer > Jазер (1 Макк. 5:8) и Gabbai > Еваи (Неем. 11:8), последний пример соотносим с соответствием в чешском переводе Библии: Gebbai.