В августе–сентябре 1944 г. в составе комиссии по расследованию злодеяний на оккупированных территориях посетил Псков, Павловский и Гатчинский районы Ленинградской области, Новгород и Боровичи. Стараниями Григория часть вывезенного фашистами церковного имущества была возвращена в северо-западные епархии. В декабре 1944 г. посетил Псково-Печерский монастырь, где принял меры по восстановлению деятельности обители. Активно участвовал в подготовке и проведении Архиерейского собора РПЦ 21–23 ноября 1944 г. и Поместного Собора РПЦ 1945 г., в том числе в составлении Положения о созыве Поместного Собора и в разработке «Положения об управлении Русской Православной Церкви», в которое по его предложению были внесены пункты об организации при Священном Синоде учебного, издательского, хозяйственного и других отделов. 4 февраля 1945 г. от имени духовенства Ленинградской епархии преподнёс в дар новоизбранному патриарху Алексию I патриаршие куколь и посох. В марте 1945 г. по поручению патриарха Алексия I совершил поездку в Эстонскую и Рижскую епархии, где воссоединил с РПЦ клириков Эстонской Апостольской православной церкви и автономной Латвийской православной церкви, неканонично перешедших в юрисдикцию Константинопольского патриархата во время немецкой оккупации. В апреле 1945 г. возглавил делегацию РПЦ на торжествах примирения Болгарской православной церкви с Константинопольским патриархатом. 7 сентября 1945 г. назначен митрополитом Ленинградским и Новгородским, постоянным членом Священного Синода с оставлением временного управления Псковской и Олонецкой епархиями. Особое внимание Григорий уделял вопросам ремонта и восстановления пострадавших во время войны храмов, для чего при Ленинградском епархиальном управлении им был создан специальный строительный комитет. Уже к 1946 г. было восстановлено четыре приходских, два приписных церкви и одна домовая. К декабрю 1948 г. закончен ремонт зданий Псково-Печерского монастыря, в 1949 г. восстановлен разрушенный фашистами Павловский собор Гатчины. В конце 1940 гг. при Ленинградском епархиальном управлении были открыты свечная и просфорная мастерские, лесозаготовительный отдел по снабжению храмов стройматериалами и дровами для отопления, создан церковнопевческий комитет по подготовке певчих и регентов. Благодаря настойчивым ходатайствам Григория церкви были переданы многие отнятые в 1920 гг. святыни, в том числе мощи святителя Никиты, епископа Новгородского, княгини Анны Новгородской, св. праведных отроков Иоанна и Иакова Менюжских; в 1946 г. в Чернигов возвращены находившиеся в хранилище Исаакиевского собора мощи святителя Феодосия, архиепископа Черниговского. В 1949 г. властями было удовлетворено ходатайство митрополита о выделении епархии Свято-Духовского корпуса Александро-Невской лавры для размещения в нём Ленинградского епархиального управления и архиерейского дома (до этого Григорий проживал в небольшой комнатке на хорах Никольского собора). В октябре 1945 г. совершил поездку в Финляндию для переговоров с архиепископом Карельским и всей Финляндии Германом (Аавом) о восстановлении канонических связей между Московским патриархатом и Финляндской православной церковью, а также для воссоединения с РПЦ братии Спасо-Преображенского Валаамского мужского монастыря, Коневецкого (Коневского) Рождества Пресвятой Богородицы мужского монастыря и находившихся в юрисдикции митрополита Евлогия (Георгиевского) двух русских общин Хельсинки.