13 июля Политбюро ЦК РКП(б) вынесло решение оставить приговор в силе в отношении митрополита Вениамина, архимандрита Сергия (Шеина), профессора Новицкого и Ивана Михайловича Ковшарова. 3 августа постановлением Президиума ВЦИК протоиерею Николаю Чукову расстрел был заменён пятью годами лишения свободы. Отбывал срок в петроградской тюрьме. 24 ноября 1923 г. Президиум ВЦИК постановил считать оставшийся срок наказания условным. 30 ноября выпущен на свободу. Ввиду захвата Казанского собора обновленцами и самороспуска Богословского института (6 мая 1923 г.), контроль над которым стремилось установить обновленческое Петроградское епархиальное управление, протоиерей Николай Чуков обратился к первому викарию Петроградской епархии Лужскому епископу Мануилу (Лемешевскому) с просьбой о причислении сверх штата в клир собора Воскресения Христова с Санкт-Петербурге. 29 марта 1924 г. временным управляющим Петроградской епархией Кронштадтским епископом Венедиктом (Плотниковым) назначен настоятелем Николо-Богоявленского собора в Санкт-Петербурге с сохранением номинального настоятельства в Казанском соборе. Со 2 апреля того же года заведовал Богословскими курсами Центрального городского района, преподавал апологетику и патристику. Одновременно разрабатывал проект положения о Высших богословских курсах, после регистрации которых 25 сентября 1925 г. избран их ректором. 25 ноября 1926 г. удостоен учёной степени магистра богословия за сочинение «Мессианские представления иудеев по таргуму Ионафана, сына Узиелова». В мае 1925 г. обновленческий протоиерей Николай Платонов обратился к епископу Венедикту, протоиереям Николаю Чукову, священномученику Михаилу Чельцову и Николаю Чепурину с предложением провести переговоры по вопросу «примирения» и организации «объединительного Собора». В начале июля группа протоиереев представила епископу Венедикту составленный протоиереем Николаем Чепуриным проект (так называемые положения или тезисы) «воссоединения» с обновленцами, допускавший возможность «объединительного Собора» после их присоединения к православной церкви через покаяние. В августе 1925 г. протоиерей Николай Чуков посетил в Москве Патриаршего Местоблюстителя митрополита Петра (Полянского), который указал на недопустимость переговоров с обновленцами и поручил о. Николаю распространить в Ленинграде выпущенное им 28 июля послание «Об отношении к обновленчеству», а также благословил открытие Высших богословских курсов. Летом 1927 г., после опубликования Заместителем Патриаршего Местоблюстителя митрополитом Сергием (Страгородским, впоследствии Патриарх Московский и всея Руси) и Временным Патриаршим Синодом «Декларации», протоиерей Николай Чуков поддержал выраженную в ней позицию по отношению к государственной власти. Разъясняя в проповедях и других выступлениях необходимость легализации церковного управления для борьбы с обновленческим расколом, он подчёркивал, что, «если стоять на истинно-евангельской точке зрения, что иного отношения к государственной власти и быть не может: Христос повелел воздавать «кесарево кесареви», а апостол Павел учил почитать власть и молиться за неё... Так, наше дело, дело христиан – молитва. Это – наше единственное оружие. Политика, а тем более борьба с властью – не наше дело».