Хиротонию Григория, состоявшуюся на следующий день, возглавил митрополит Сергий. 15 октября возведён в сан архиепископа (во внимание было принято свыше 45-летнее служение в священном сане). 5 ноября прибыл в Саратов, до середины 1943 г. также временно управлял Астраханской епархией. 8 июля 1943 г. вступил во временное управление Сталинградской епархией с титулом «архиепископ Саратовский и Сталинградский». 14 июля награждён правом ношения креста на клобуке. Начало архипастырского служения Григория выпало на тяжёлое время военных испытаний. Саратов подвергался массированным бомбардировкам, сопровождавшимся большими жертвами и разрушениями. В этих условиях стараниями Григория происходило возрождение церковной жизни. Количество действовавших храмов в Саратовской и Сталинградской епархиях в 1943–1944 гг. увеличилось с 4 до 22; в мае 1944 г. Григорий добился разрешения на открытие в Саратове богословско-пастырских курсов. Поддерживая призывы митрополита Сергия, архиепископ постоянно выступал с патриотическими проповедями и воззваниями, организовал в храмах епархии сбор пожертвований в Фонд обороны и на помощь пострадавшим от бомбёжек; к 1944 г. Саратовская и Сталинградская епархии внесли в Фонд обороны более 2 млн. руб. За активную церковно-патриотическую работу Григорий награждён медалью «За доблестный труд в Великой Отечественной войне» (1945 г.). 3 сентября 1943 г. вызван в Москву. После встречи Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия с Иосифом Виссарионовичем Сталиным участвовал в предварительном совещании архиереев по подготовке Архиерейского собора РПЦ 8 сентября 1943 г., на котором Григорий представил составленное им «Обращение ко всем христианам мира». 12 сентября во время литургии и интронизации патриарха Сергия в московском Богоявленском соборе произнёс приветственное слово от лица епископата. В тот же день совместно с Горьковским архиепископом Сергием (Гришиным) работал над выпуском № 1 «Журнала Московской Патриархии». 1 октября по поручению патриарха подготовил проекты организации духовных школ и положения о православном богословском институте и богословско-пастырских курсах, одобренные 22 октября Священным Синодом. 17 октября – 29 ноября 1943 г. исполнял обязанности управляющего делами Московской патриархии. С 24 декабря 1943 г. до 15 февраля 1944 г. временно управлял Тамбовской епархией, где присоединил к РПЦ общины, перешедшие из обновленчества. В день кончины патриарха Сергия (15 мая 1944 г.) присутствовал на заседании Священного Синода, утвердившего Патриаршим Местоблюстителем Ленинградского митрополита Алексия. 26 мая назначен архиепископом Псковским и Порховским с поручением управления Ленинградской, Новгородской и Боровичской епархиями, с 5 сентября 1944 г. временно управлял Олонецкой и Вологодской епархиями, с декабря 1944 до июня 1945 г. – Рижской епархией. В числе основных задач Григория была повсеместная организация приходской жизни, открытие храмов и замещение клириками вакантных мест. Архиепископ содействовал возвращению и регистрации многих репрессированных и заштатных священников, диаконов, регентов, оказывал им материальную помощь из личных средств.