По тематическому принципу в них, как правило, выделяется введение, называемое «Tractatus decretalium» (Distinctiones 1–20); оно повествует об источниках церковного и светского права. За введением следует часть, называемая в рукописях «Декрета Грациана» и в сочинениях канонистов «Tractatus Ordinandorum», охватывающая дистинкции 21–101 и содержащая нормы, регламентирующие рукоположение и назначение на церковные должности. Часть, состоящая из казусов, подразделялась на раздел «De negotiis seu iudiciis» («О тяжбах или судебных процессах» – causae 1–36) и «Трактат о покаянии». Часть, содержащая «Tractatus de consecratione», называлась также «De sacramentis et sacramentalibus» («О таинствах и освященных предметах» или Causa 37). Важным отличием «Декрета Грациана» от других сводов XI – первой половины XII в. стал отказ от рассмотрения теологических вопросов и сосредоточение только на правовых аспектах церковной жизни. Каноны, касавшиеся богослужения и совершения таинств, рассматривались только как регуляторы жизни церковных общин и не имели богословского содержания. Этот новый подход был вскоре воспринят канонистами – комментаторами «Декрета Грациана» и имел важное значение для последующего развития канонического права, т.к. способствовал разделению во второй половине XII в. преподавания теологии и канонического права и формированию их в качестве самостоятельных дисциплин. «Декрет Грациана» внёс большой вклад в рецепцию римского права в средневековом церковном и светском праве, задав направление развития канонической юриспруденции и обусловив её легалистский характер. Её широкое распространение способствовало формированию «ius commune» («общего права»). Одной из сфер использования «Декрета Грациана» было преподавание и изучение канонического права. Благодаря дидактической подаче материала он был удобен для преподавания и с методической точки зрения представлял собой хороший учебник. Использование его в Болонском университете в качестве учебного пособия в середине XII в. повлияло на формирование болонской школы канонического права, общеевропейский авторитет которой способствовал распространению и известности «Декрета Грациана» в Европе уже в последней трети XII в. В 1170 гг. такая форма преподавания церковного права утверждается в парижских школах, в 1190 гг. – в Оксфорде, на рубеже XII и XIII вв. – в рейнской Германии. Лекции сопровождались комментариями магистра, что способствовало появлению во второй половине XII – XIII вв. обширной канонической литературы и привело к созданию в первой четверти XIII в. ординарной (т.е. общепринятой) глоссы к «Декрету Грациана», которая изучалась вместе с основным текстом в университетах. В учебных планах богословских и юридических факультетов европейских университетов изучению «Декрета Грациана» отводилось важное место: лекции проводились, как правило, в первой половине дня, во второй половине дня изучались своды декретального права. Студенты заучивали большую часть материала «Декрета Грациана» при помощи различных мнемотехнических упражнений.