В основе этого метода толкования лежал принцип иерархии авторитетов. Наибольшим авторитетом обладали тексты Священного Писания, после которых шли «Деяния Вселенских Соборов», постановления Римских пап. Меньшим авторитетом пользовались декреты Соборов католической церкви, высказывания отцов церкви, постановления поместных Соборов и отдельных церковных иерархов, постановления светских государей и др. Учитывались также время, обстоятельства создания того или иного канона, выраженная в нём воля законодателя. Подобно многим другим крупным правовым сводам XI – начала XII в., «Декрет Грациана» являлся собранием различных по происхождению канонов, затрагивавших весь круг правовых аспектов жизни церкви. Каноны (capitula) были созданы в разное время: от Античности до постановлений Соборов католической церкви первой трети XII в. Они отличаются по форме, принадлежат разным «издавшим» их законодательным органам, не совпадают по степени авторитетности. Весь этот материал, за исключением юстиниановского римского права, был заимствован составителем «Декрета» из предшествующих сводов церковного права. Каноны содержат описание конкретных судебных дел и правовых казусов; абстрактно сформулированные нормы права встречаются редко. Поскольку при толковании той или иной правовой проблемы составитель старался привести весь круг мнений церковных авторитетов по данному вопросу, часть канонов изначально содержала вышедшие из употребления правовые нормы. В «Декрет Грациана» входят отрывки из Священного Писания, цитаты из посланий и творений отцов церкви (в первую очередь, Августина Блаженного и Исидора Севильского), отрывки из Апостольских правил, постановлений Вселенских и поместных Соборов (Восточных и Западных), постановления и декреталии Римских пап, фрагменты пенитенциалиев, литургических книг Западной церкви, «Liber Diurnus», а также установления светских властей – тексты римского права (отрывки из Кодексов Феодосия и Юстиниана, Дигест, Институций, Новелл), отрывки из Вестготской правды и других варварских правд, меровингские и каролингские капитулярии, церковные постановления германских императоров Генриха I Птицелова (919–936 гг.) и Оттона I (936–973 гг.). Исследования, проведённые в 1980–1990 гг. немецким историком права П. Ландау, показали, что круг использованных при создании «Декрета Грациана» источников был относительно невелик: «Этимологии» Исидора Севильского, «Collectio tripartita» и «Panormia» Иво Шартрского, трактат «Polycarpus», приписываемый кардиналу Григорию, «Книга о милосердии и правосудии» («Liber de misericordia et iustitia») Альгера Льежского, а также анонимный «Свод из трёх книг» («Collectio trium librorum»), «Высказывания магистра А.» («Sententii magistri A.»), свод Ансельма Луккского, созданные в XI в. в Италии под влиянием григорианской реформы. Отрывки из сочинений Августина Блаженного, епископа Вормсского Бурхарда и др., каноны из Псевдоисидоровых сводов были заимствованы не напрямую из этих памятников, а из вышеперечисленных сводов.